同源序列是指从某一共同祖先经趋异进化而形成的不同序列。

相似性是指序列比对过程中，检测序列和目标序列之间相同碱基或氨基酸残基序列所占比例的高低。

整体比对（Global alignment）：从序列全长出发，考虑序列的整体相似性。

局部比对（Local alignment） ：考虑序列部分区域的相似性。

核酸序列分析是用理论方法预测核酸序列的结构和功能，是解析基因组信息和发现新基因的基础。

常见序列格式：

（1）FASTA格式

（2）plain text格式

（3）GCG格式

（4）Genbank格式

真核生物基因结构的分析和预测：

序列的基本分析

序列比对和同源性分析

开放阅读框分析

内含子/外显子结构预测

限制性内切酶分析

重复序列分析

CpG岛的预测

基因启动子区域预测

转录终止信号预测

密码子偏好性计算

用mRNA序列预测基因

引物设计

核酸序列的基本分析

分子质量、碱基组成、碱基分布

序列变换

查看测序峰图和去除载体序列

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