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CRs2Cancer：人类癌症染色质调节因子的数据库
数据库介绍
染色质调节因子（CRs）是一类具有特殊功能结构域的酶，能够以细胞环境依赖的方式识别，形成和维持表观遗传状态。CRs可以动态调节染色质结构，以应答内在和外在信号提示，表观遗传地调节基因表达。CRs的体细胞改变或表达异常可能改编染色质的表观基因组图谱，从而导致广泛的常见疾病，特别是癌症。现在已经在多种癌症类型中识别了CRs的基因组改变或失调，并且越来越多地将其视为新的治疗靶标。
目前，针对CRs和组蛋白修饰主要有三个数据库：HIstone、WERAM、CRs Cistrome。这些数据资源主要集中在CRs的基本信息和ChIP-Seq数据的收集，对于DNA甲基化和染色质重塑蛋白质仅有较少的信息。因此构建了CRs2Cancer，这是一个综合注释和可视化数据库，它基于高通量数据分析和文献挖掘收集人类癌症中的注释数据和CRs的异常模式。CRs2Cancer收集了对11个类别进行注释的400多个CRs。通过该数据库，用户可以探索多种癌症类型的CRs的功能，基因组学，转录组学，蛋白质组学，临床，生物学网络和文献发表的信息。该数据库建立了多种类型的CRs相关关系，包括CRs-靶点、miRNA-CRs、蛋白质-蛋白质互作和药物-靶点等，整理了大约6000种异常分子改变和CRs在癌症发展中的相互作用。
用户可以通过六种不同的路径浏览所有CRs，或者使用高级搜索工具访问感兴趣的CRs。CRs2Cancer主要有两个显著的特点：除了CRs的基本信息以外，该数据库提供了跨越各种人类癌症的多维分子框架（例如基因组，转录组和蛋白质组）和综合分析（例如表达和拷贝数，甲基化或临床特征之间的关联测试）；CRs2Cancer结合了高通量和文献支持的实验数据，使用户能够在癌症发展过程中交叉检验CRs的作用。
用户使用
CRs2Cancer为用户提供了一个友好的界面，可以浏览，搜索和下载数据。在“浏览”页面中，用户可以通过六个不同的面板浏览CRs，主要分为以下六个版块：“癌症类型”，“功能”，“突变率”，“差异表达”，“ChIP-Seq数据”和“靶向药物”。“癌症类型”分别显示来自原发性肿瘤组织和癌细胞系的26和24种癌症类型，通过点击一种癌症类型，可以返回该癌症中所有CRs的汇总表（如下图所示）。
“功能”面板提供CRs的详细功能注释，用户可以单击面板顶部的按钮，通过DNA修饰，组蛋白修饰和染色质重塑来筛选它们。
在“突变率”页面中，用户可以获得8,788个原发肿瘤样本和967个癌细胞系中CRs的突变率。我们可以观察到5种CRs，KMT2C，ARID1A，CREBBP，TRRAP和TAF1L在肿瘤组织和细胞系的前10个突变CRs基因中是常见的。
“差异表达”页面汇总了超过10个正常样本的15种原发癌类型中CRs的差异表达分析。327（76.2％）CRs在至少一种癌症类型中差异表达，并且其中大多数在不同癌症中显示出一致的（上调或下调）失调模式。用户可以分别在“ChIP-Seq数据”和“靶向药物”面板中浏览139个CRs和作为药物靶点的39 CRs。在以上的页面中，单击基因符号的超链接可以访问CRs的注释页面，包含了不同选项中的11类注释，对于每个选项，摘要表收录了CRs的基本信息以及此选项中的相关内容，用户也可筛选感兴趣的癌症类型，并可点击链接获取更多详细信息。
在“搜索”页面中，用户可以使用多种搜索工具以简单的方式查询CRs2Cancer。用户可以通过gene symbol ，name，Entrez ID，UniProt ID，ensembl ID和底物以单个和批量格式检索感兴趣的CRs。从下拉菜单中选择检索的类型并输入相应名称，点击“Submit”提交，批量检索的方式与此类似，结果以列表的形式返回，点击蓝色部分显示该基因的详细注释以及外部数据库链接。
此外，用户可以搜索原发肿瘤，细胞系和文本挖掘结果的癌症名称，并获得与该癌症有关的CRs的摘要页面。
“高级搜索”模块允许用户同时查询基因和癌症，并返回感兴趣的肿瘤类型中查询的CRs的相关信息。
为了进行高级数据分析，该数据库为访问者公开了所有纯文本数据，用户可以从“下载”页面访问，便利地获取到感兴趣的数据。
感兴趣的朋友们尽情进入探索吧！数据库网址：http://cis.hku.hk/CR2Cancer
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