从前，研究免疫lncRNA好难
生信干货
sxr ·2020年4月26日 19:32
最近小编看到一篇文章Long noncoding RNAs control 1 the modulation of immune checkpoint molecules in cancer 2020年 clinical cancer research
文章主要研究的是乳腺癌免疫相关的lncRNA，只不过作者比较豪横，各种炎症，包括动物实验都上了。首先文章重申研究lncRNA必须实验验证，另外更重要的是小编看到了研究lncRNA的新思路。再谈及新思路之前，跟大家说下研究免疫相关的lncRNA的旧事。经常做ceRNA的童鞋都清楚，一旦文章涉及到lncRNA，必须验证，如若不然，被拒稿是肯定的。但是免疫这个热点出来之后，大家反反复复碰瓷多次，没有验证，也发表的不亦乐乎。思路跟题目一样，基本研究设计的lncRNA，第一步通过已有的文章或者数据库直接获取免疫相关的基因，然后通过相关系数或者WGCNA筛选lncRNA（IR-InRNAs），cox回归，降维，富集分析，模型构建。Immune‐related long noncoding RNA signature for predicting survival and immune checkpoint blockade in hepatocellular carcinomaAn immune-related lncRNA signature for patients with anaplastic首先是收集TCGA中肝癌的数据信息，GSE76427数据集作为独立验证集。368个训练集和115个外部数据验证集。
然后数据库下载免疫相关的基因，然后通过相关系数，寻找相关的lncRNA。
然后cox+lasso回归降维构建风险模型，对每个入选模型的lncRNA做GSEA富集分析。
通过免疫细胞浸润情况高低分组，然后高低分组直接筛选差异的lncRNA，作为免疫相关的lncRNA。Identification and validation of immune-related lncRNAprognostic signature for breast cancer 然后得到候选的lncRNA之后，继续如上的分析：cox回归，降维，富集分析，模型构建。
Transcriptome analysis reveals the link between lncRNA-mRNA co-expressionnetwork and tumor immune microenvironment and overall survival in head and neck squamous cell carcinoma顾名思义，就是通过免疫评分高低直接筛选差异的基因和差异的lncRNA，然后借助差异的基因（数据库确定跟免疫相关的）再做WGCNA，后面分分析一样。这样做就有点多余炫技的感觉了，再加上没有额外的外部数据集验证，最后文章水平在3分左右。
经过这几篇文章的介绍，大家应该都清楚了，免疫相关的lncRNA，基本都是借助免疫细胞、免疫评分、免疫基因，或者免疫相关的通路来处理的。首选存在门槛，处理起来性价比低，另外就是自己找的数据库可能不专业，存在风险。但是毕竟免疫相关的lncRNA，还是需要进一步分析的，起码暂时没有硬性要求实验验证。前段时间小编推了一个免疫lncRNA的数据库，不知道大家有没有用起来，他将肿瘤相关的免疫相关的lncRNA都整理好了，还提供各种高清美图，大家用起来不要太爽啦。生信人建议免疫相关的lncRNA还是非常有做的必要性的，参考文献：
1、Long noncoding RNAs control 1 the modulation of immune checkpoint 2、Immune‐related long noncoding RNA signature for predicting survival and immune checkpoint blockade in hepatocellular carcinoma3、An immune-related lncRNA signature for patients with anaplastic4、Identification and validation of immune-related lncRNAprognostic signature for breast cancer 5、Transcriptome analysis reveals the link between lncRNA-mRNA co-expressionnetwork and tumor immune microenvironment and overall survival in head and neck squamous cell carcinoma6、Pan-cancer characterrization of immune-related IncRNAs identifies oncogenic biomarkers.
