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如何从基因进化角度发高分SCI?
近期不少公众号力推植物基因家族分析，不得不承认这确实是一个十分低成本、低要求的思路。但是，你以为现在一个简单的基因家族分析还能发个3、4分的文章吗？答案是否定的！在2010年以前，一个基因家族分析就能被5分以上的期刊接收；从去年开始，诸如frontiersin plant science、plantscience、BMC已经对这些文章纷纷拒稿了，理由就是这样的文章没有新意，因为套路都被玩熟了！今年，基因家族+生化试验（生理实验）的套路仿佛忽如一夜春风来，让许多想发高分文章的同学们找到了思路，努力一把能够发个plantBiotechnology journal。但是想到做生化实验大家又是想想又算了。
有没有不做实验的基因家族新思路？
有！
5月31日，New Phytologist在线发表了阿根廷科学家题为Evolutionaryhistory of HOMEODOMAIN LEUCINE ZIPPER transcription factors during planttransition to land的研究论文。文中作者研究了对于发育和环境响应非常重要的同源结构域亮氨酸拉链HDZ转录因子家族在植物中的演化。
文章结果
植物从原始的水生状态向陆生的转变涉及到一些调控的适应，然而对于这种改变的分子机制还不清楚。转录因子的演化会随着这种植物向陆生的转变一起进行，作者在本文中详细研究了对于发育和环境响应非常重要的同源结构域亮氨酸拉链HDZ转录因子家族，利用转录组和基因组数据对于许多绿色植物的HDZ基因进行了进化和生物信息学分析。研究显示，HDZ基因在绿藻类植物和早期分化形成的轮藻类植物中就已经存在，并且分为I-IV类亚家族。其中I、III、IV都是轮藻单系起源，而II类HDZ基因在轮藻和苔藓中存在两个保守的支系，其中最大的区别在于CPSCE基序。此外，作者还发现HDZ家族在植物演化过程中还发生了基因复制事件，尤其在植物进入陆地之后发生了多次复制事件，从而促进了HDZ家族基因适应陆地的功能化。
文章思路
（1）绿色植物同源结构域的分类
HDZ蛋白属于HD（HOMEODOMAIN）中的一个分支，作者首先在PlantTFDB中找到HD保守结构域作为筛选条件，接着用HMM程序进行比对筛选到多个物种中，利用MAFFT进行保守结构域比对、MEGA7对不符合条件的序列进行剔除。在53个不同物种中筛选到286个HD蛋白，利用IQTREE进行构树后再利用MEGA进行可视化。
（2）多序列比对、二级结构预测、进化树分析
作者利用JPRED4和MARCOIL同时进行二级结构预测，利用贝叶斯MRBAYES对158HDZ蛋白进行比对构树，利用MEGA、figtree、JalView进行了可视化。最后对保守基序和机构域进行了分析
总结以上过程，我们不难发现：
序列查找：HMM和BLAST
比对：MAFFT
构树：IQTREE和MRBAYES
可视化：MEGA、figtree、JalView
那么这些软件是怎么组合的，行文思路究竟如何设计，还有没有其他类似的套路。敬请关注生信人最新视频：基因家族分析。
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刷屏的基因家族分析套路，谷歌学术检索关键字，2016年有2000多篇，2017年1243多篇SCI，1282篇中文论文。这么火的一个生信分析，可谓应该人手一个。
之前生信人推送过一个基因家族分析纯软件，不需要编程的一个文档，浏览量很高，也被爱好者上传到了百度云。
然后我们开始着手录制一期基因家族分析（半年时间），重点在于告别编程，完全用软件在windows，搞定所有的生信分析。
当然我们考虑到一些人有linux基础，所有的分析都是两个版本，一个是linux，一个是windows。
全部课程一共25个学时，总时长275分钟（大约5个小时左右），分为两部分，第一部分是手把手讲解基因家族中所有的生信分析，第二部分是通过讲解一篇高分基因家族文章，来对内容进行升华。
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参考目录
章节1基因家族生信分析
课时1已知基因家族成员下载-NCBI检索05:17
课时2已知基因家族成员下载-文献检索08:27
课时3基因组GFF蛋白质序列下载-NCBI下载07:18
课时4基因组GFF蛋白质序列下载-其他数据库下载06:52
课时5本地BLAST使用（Linux）07:54
课时6本地BLAST使用（Windows）09:56
课时7本地HMMER使用(Linux)11:57
课时8本地HMMER使用(Windows)09:10
课时9CDD确定结构域07:18
课时10Pfam确定结构域04:31
课时11进化树构建07:45
课时12基因结构绘制22:41
课时13MEME分析28:52
课时14基因定位30:48
课时15启动子27:39
课时16基因表达热图绘制06:21
课时17Duplication 08:09
课时18Duplication2 22:05
课时19kaks分析 09:54
课时20基因家族第一部分软件，数据和资料（pc端左下角-参考资料）
章节2进化角度做基因家族
课时217分基因家族文章解读04:15
课时22序列的搜集与成员鉴定08:07
课时23序列比对方法08:20
课时24进化树构建-IQ-tree和Bayes07:04
课时25进化树构建-MEGA使用及树的美化 9:30
基因家族第二部分软件，数据和资料（pc端左下角-参考资料）
PPT谍照
基因家族分析部分
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