基因组变异对于ceRNA调控影响数据库:LnCeVar
生信干货
shuang ·2020年7月12日 04:22
ceRNA作为一个成熟的基因间调控假说，一直受到广泛关注。小编今天就给大家介绍一个特别的数据库：基因组变异对于ceRNA调控影响的数据库LnCeVar(http://www.bio-bigdata.net/LnCeVar/index.jsp)。
LnCeVar从成千上万的样本和细胞系中识别了ceRNA事件，包括：- 实验支持的循环、耐药和预后相关的lncRNA生物标志物；
- 来自TCGA和COSMIC的体细胞突变-ceRNA事件；
- 感兴趣RNA–变异–ceRNA事件的基本信息和miRNA结合状态；
- 基于相关生物学过程的感兴趣RNA的hallmark分析；
- 受基因组变异干扰的所有可能的与感兴趣RNA相关的ceRNA相互作用的网络图；
- 与感兴趣RNA相关的ceRNA的生存分析和生存曲线；
- LnCeVar–BLAST的自定义序列搜索和LnCeVar–Browser的基因组搜索。
接下来我们就来看看LnCeVar的使用方法和结果展示吧！首先，在首页搜索框直接搜索感兴趣的lncRNA/miRNA/mRNA/癌症等信息，以NEAT1为例，LnCeVar会给出该lncRNA按照基因组变异分类的整体概述结果，包括基于TCGA和Cosmic数据库中与突变相关的ceRNA结果，基于千人基因组计划获得的SNP有关的数据结果，基于TCGA数据库拷贝数变异相关的ceRNA结果，基于实验验证的突变或标志物。
然后，点击感兴趣的部分即可进入该lncRNA的详细结果部分，可以通过点击Detail获取该ceRNA的全部详细信息，或者点击后面小图标直接关注感兴趣的部分内容。
点击Detail，可以看到如下信息，并可以点击跳到不同的分析结果部分：
Basic information in LnCeVar
Variant associated binding affinity
in LnCeVar
Functional annotation in LnCeVar
Hallmark annotation in LnCeVar
Network visualization in LnCeVar
Survival analysis in LnCeVar
除了搜索lncRNA/miRNA/mRNA/癌症的名字，我们还可以通过下面的方式进行搜索。
我们也可在BLAST界面提交序列信息查询数据库，在LnCeVar中可获得相关RNA信息，并通过Detail information进入相关结果界面。
Genome browser in LnCeVar我们也可在Browser界面输入染色体号和序列的区间，在LnCeVar中展示参考序列，基因组变异，ceRNA转录本和miRNA结合位点等信息。
我们也可在Cluster界面选择疾病和hallmark，在LnCeVar中展示了lncRNA的相似矩阵和lncRNA-mRNA的相关性。
参考文章：LnCeVar: a comprehensive database of genomic variations that disturb ceRNA network regulation
