今天是正月初七,相信大部分童鞋已经回到工作岗位上了,今天小编给大家分享一篇关于狗的13年发在nature上的文章。
一、背景和综述
在人类文明史中,狗的训化起着重要的作用,狗是第一个被训化的动物。但是关于狗具体训化起始的时间和地点,从狼到狗训化过程中遗传背景的具体变化,不得而知。文章对狗和狼进行了全基因组测序(重测序),鉴定出了36个跟训化相关的区域,其中一半以上的区域包含跟大脑相关的基因(19个),8个跟神经系统和行为发育相关。10个基因跟淀粉消化、脂肪代谢相关。与狼相比,文章也找到了支持跟淀粉相关通路基因存在加强的证据。文章认为狗从肉食性变为可以代谢淀粉,这可能是狗训化中最为重要的一步。
二、材料和方法
狗的训化可能较为复杂,其中涉及多个种群,甚至存在跟狼进行过杂交等行为,,目前大家共识为狼试图去接近人类居住地去使用人使用过的污物,这样导致了狼产生了自我的训化。为了清楚的描述狗训化的遗传背景上的变化,文章对12只世界各地的狼进行了测序,另外还对60只狗进行了测序。跟狗参考基因组比对,狗覆盖度为29.8x,狼为6.2x。
三、研究结果
利用重测序比对的手段,文章鉴别出3786655个SNP,其中46.8%是狗特有,3.7%是狼特有。另外还检测出506148个小的indel,还有26619个CNV。
为了找出受到近期选择的区域,文章寻找狗基因组上存在低杂合,或者跟狼遗传距离较远的区域。这样筛选出36个候选区域。
筛选基因的富集情况。
其中有122个基因,其中一半以上的区域包含跟大脑相关的基因(19个),8个跟神经系统和行为发育相关。
10个基因跟淀粉消化、脂肪代谢相关。
参考文献
Axelsson E, Al E. The genomic signature of dog domestication reveals adaptation to a starch-rich diet.[J]. Nature, 2013, 495(7441):360.