2018年9月10号，Nature Genetics发文“Integrative detection and analysis of structural variation in cancer genomes”系统阐释SV鉴定。

1、摘要。

结构变异（SV）可以通过多种机制促进肿瘤发生。尽管它们的非常重要，癌症基因组中的SV的识别仍然具有挑战性。这里，作者开发了一个结合光学图谱、Hi-C和全基因组测序的三种数据的流程，可以系统地检测正常或癌样本和细胞系的各种SV。这种识别每种方法的独特优势，并证明只有综合三种测序手段才能全面地识别基因组中的SV。通过结合HI-C和光学图谱，可以阐明复杂的SV。此外，作者观察到广泛的结构变异事件，影响非编码序列的功能，包括远端调控序列的缺失，DNA复制时间的改变，以及新的三维染色质结构域的建立。作者分析这些结果表明非编码区域的SV可能是癌症基因组中未被重视的突变驱动因子。

2.方法

    利用七个癌细胞系中产生WGS数据，平均覆盖率＞30×，构造了一个内部流程结合了LUMPY, Delly, and Control-FREEC三个软件，用于初始SV检测，然后执行数据过滤；光学图谱，平均覆盖率约为100×。使用RefAligner 6119 (Bionano Genomics) and pipeline 6498进行从头组装和SV检测，并进行进一步数据过滤；最后作者开发了一种使用Hi-C识别重排事件的，包括易位，倒位、缺失和串联复制的算法；经过比较和合并每个测序平台的结果，确定了数千个插入和缺失（＞50 bp），数百个串联重复和染色体间易位，数十个倒位。

3、比较。

三种方法鉴定特征比较如下，可以看到光学鉴定的SV长度达到100kb以上，Hi-C可以达到Mb级别。

4、Hi-C鉴定染色体重排

在核型正常细胞的HI-C实验中，染色体间的相互作用是罕见的。然而，在癌细胞中却常见模式。例如，在CAKI2癌中细胞，我们观察到强的“染色体间”相互作用（图2a右），这可能是由于染色体6的融合所致。在19个H-C鉴定重排事件中，可以确认11个，其余8个为新的。。一个事件是在染色体16和6号染色体的两个不同区域之间（图2c）。另一种是涉及染色体1, 6, 18和20的重排。进行了FISH实验来验证新的预测易位,18个通过FISH或先前的数据来验证。

5、软件下载

https://github.com/dixonlab/hic_breakfinder.

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