春节就要临近了,相信很多人还是需要坚守在自己的岗位上。即使是被迫留在岗位上的人,比如大年三十还在鼠房的研究生,该休息的时候还是需要休息的。然而考虑到老外也不过春节,所以春节期间科研也不能完全断档。前段时间给大家分享的文章相对来说比较复杂,吃饺子的时候显然是不适合看的。所以,今天为大家分享一篇针对性强,短小精悍的好文。
文章一月份发表在Frontiers in cell and developmental biology(IF: 5.201)。
A Combined Two-mRNA Signature Associated With PD-L1 and Tumor Mutational Burden for Prognosis of Lung Adenocarcinoma
肺腺癌患者预后相关PD-L1和肿瘤突变负荷关联的2-mRNA特征
摘要:
作为高发病率和高死亡率的恶性肿瘤,肺癌对人类生命和健康构成严重威胁。肺腺癌(LUAD)是肺癌最常见的组织学亚型,并具有其独特的生物学特性。近年来,免疫治疗的迅速兴起已完全改变了LUAD的治疗方式。无法从常规手术,化学疗法或放射治疗中受益的患者显然将从这种新兴治疗中受益。大量研究证明肿瘤突变负担(TMB),微卫星不稳定性(MSI),肿瘤淋巴细胞(TIL) ,以及其他可以用作预测免疫疗法反应的生物标志物。因此,免疫疗法相关的生物标志物对于筛查受益的非小细胞肺癌(NSCLC)患者尤其重要。鉴于此,作者试图从多个基因表达数据集中找到与PD-L1和TMB密切相关的基因,以探索可以准确预测LUAD的预后和免疫治疗反应的生物标志物。
材料方法:
TCGA-LUAD,GEO,HPA;差异表达,PD-L1,单变量cox,多变量cox,TMB
结果:
1.候选基因获取
图1.TCGA与GEO数据识别候选基因
2.预后特征的构建和评估
图2.风险评分生存分析与验证
3.预后特征在不同临床亚组中的适用性
图3.不同临床特征中的预后效能
4.10个交集基因的突变分布与TF
图4.突变与转录因子网络
5.特征基因在mRNA和蛋白质水平上的表达和生存
图5.mRNA和蛋白水平以及生存
6.特征基因和风险评分与免疫检查点和TMB的关系
图6.免疫检查点和TMB相关性
7.肿瘤免疫景观和通路富集
图7.免疫浸润与通路富集
8.列线图的构建与预测性能
图8.独立因子与列线图
文章以PD-L1为切入点,识别和验证了肺腺癌中预后特征,针对性更强。虽说文章短小精悍,但是内容和图却是非常丰富的。这么好的年货,赶紧屯上。