Tophat中mate-inner-dist的介绍

随着转录组项目的火爆，tohat软件的应用也越来越多，但是对于tophat中角落的一个参数mate-inner-dist这个参数默认是（50），你了解多少呢，据我所知大多数的同学对这个参数的选择就是默认，不管我的插入片段是多少，我都默认。这里可能会对项目的分析造成影响，具体的影响有多大，我暂时没有评估。

官网中这个参数的描述如下：-r/--mate-inner-dist <int> This is the expected (mean) inner distance between mate pairs. For, example, for paired end runs with fragments selected at 300bp, where each end is 50bp, you should set -r to be 200. The default is 50bp.

比如说回溶片段为300 ，read的长度为75（双端），那么我的mate-inner-dist是150。如果read是125，那么我的mate-inner-dist是50.

如果我的毁容片段是200，read长度是100，那么这个mate-inner-dist，可以选择10 ，就不要写50这么大啦，不过这里选择默认也不会影响很大。

当然单纯的依靠均值来做并不是十分的稳妥，同时tophat提供了另外一个参数 --mate-std-dev default:20 inner距离的标准偏差。

例如：

对一物种的两个样本A和B使用Illumina Hiseq2000分别进行了转录组测序，得到了结果文件A.reads1_1.fastq, A.reads1_2.fastq, B.reads1_1.fastq 和 B.reads1_2fastq。测序文库的插入片段长度为200bp，reads长度为90bp。物种的基因组文件为species.fasta。请用Tophat分析该物种的转录结合位点，indel信息?

bowtie2-build species.fastq species $ tophat --read-realign-edit-dist 0 -o ./tophat_out -r 20 --mate-std-dev 20 --coverage-search --microexon-search -p 24 --library-type fr-unstranded species A.reads1_1.fastq,B.reads1_1.fastq A.reads1_2.fastq B.reads1_2fastq

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