昨天让女朋友陪着打卡了复仇者联盟3。复仇者联盟3,故事很简单,讲的就是一堆人群殴一个人,还没有打过的故事。
打架,依靠的是什么。之前有专家说过是经济实力,这里小编不认可,如果是拼经济实力,国家和国家之间有矛盾的时候,别动刺刀了,直接打开存折,比一比谁的存款多就好了。打架比的是人,但是不是比的人数,这里最好的例子就是复仇者联盟好几十人都没打过灭霸。
那么,战斗能取的胜利,依靠的究竟是什么呢?
我们通过复盘几个场景,应该能得到想要的答案。
因为我对漫威的电影的印象, 还停留在美队徒手拉飞机时暴起的肱二头肌,所以 -3 中大胡子美队一出场,还真是让我的爆米花掉了一地。
来感受下美队凌乱的头发和整洁的大胡子。
电影首先是从没有铁锤相伴的雷神开始的,没有铁锤的雷神,果然是被人暴凑。
电影开场就被灭霸(电影的大boss)打的连电母都不认识了,由于吸取了没有锤子,不行的教训,在雷被拯救了的情况下,毅然决然的前往nowhere 打铁,而不是急冲冲赶往灭霸老家整事。
所以在电影结尾,其他的队友都趴窝的时候,雷哥还是给了灭霸一斧子。
接下来就是灭霸的马仔来到地球要搞夏洛克的宝石,那玩意能随便给吗。于是乎就干起来了,铁桶(钢铁侠)也来帮忙,这是正好遇到小蜘蛛参团旅游,小蜘蛛也不是尿性的人,也鼎力相助,不过貌似还是搞不定。双方纠缠到高空中的时候,小蜘蛛的纯棉的秋衣,无法提供小蜘蛛呼吸,于是铁桶给了他一件牛叉的,带着很多蜘蛛腿的衣服,才有战斗力的提升。
再者就是大boss 灭霸,先是搞定了一个肉色的手套,然后依次搞定6个块可以镶嵌在手套上的挂坠。之后就可以通过打了一响指,让一半的人消失。突然感觉整个电影,就是灭霸同学寻找牛叉的武器并使用的过程。
灭霸厉害,归根到底还是手套牛,如果没有手套。复仇者联个盟,估计就能干翻他。
灭霸同学估计也知道这个梗,所以人家利用了好几部电影的时间,慢慢的找武器,慢慢的进化,进化到自己都觉得牛叉为止。
而我们的美腿呢,不是,美队呢。
美队1、平底锅,星条装。
美队2、平底锅,星条装。
美队3、平底锅,星条装。(最后还被干烂了)
复仇者3一开始,美队两手空空,最后还是小黑猫提醒,才给他配置了一对炒勺。
大敌当前找武器的美队,战场上换衣服的小蜘蛛、临阵磨斧子的雷神(其实雷有准备,但是有点晚)这些统统的说明了正义联盟压根就没怎么做啥准备。
能打赢,才怪。
所以其实战争拼到底,比的是装备,更拼的是耐心备战的忧患意识。正义队长美队一直为这场战争担忧,但是从来没有做任何准备,空有正义精神,不如像雷神一样提前磨快斧子。
所 以
电影中灭霸告诉我们武器很重要,提前准备好牛叉的武器更重要,但是灭霸童靴搞定装备的过程,太过于腥风血雨,不值得提倡。
同样类比,做生信分析,最重要的是需要一款给力的工具,当然获取这款工具,就没有那么血腥,扫个码就行了。
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DodoGene可视化生信分析一体机由三部分组成:
DodoGene可视化生信分析系统平台:
含SGE任务调度系统,SJM任务提交软件等,是分析流程运行的“底座”。
分析流程:
搭载于系统平台之上,其中,有参mRNA转录组分析流程包含了至少20套开源软件,全套流程智能可视化。学习成百上千行的代码?不存在的!打开流程界面,填几个参数,一键就能提交任务。
硬件:
需要强调的是,为了保证运算速度,安装这套系统时,对硬件运行速度有一定的要求;为此我们配备了如下配置的硬件,能够满足基本的运算要求,同时扩展性良好,方便随时扩容。
配置:dell最新t430服务器,e5cpu高速运转,32g内存,2t存储
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使用这套一体机是什么体验?
1、准确
相信每个小伙伴都一定心存疑虑:这套系统能保证分析结果100%正确吗?
答案当然是可以。为什么呢?
流程中涉及的软件,均为经典、高分、前沿文献中引用的软件,比如,在我们的有参转录组分析流程中,即包含了至少20套开源软件:
部分软件示例
Analysis | Software | Version |
基本质控 | Bowtie 2 | v2.0.6 |
cutadapt | 1.10 | |
序列比对 | TopHat | v2.0.13 |
picard-tools | 1.119 | |
samtools | 0.1.19 | |
SNP和InDel检测 | GATK | 3.4-0 |
转录本组装 | cufflinks | v2.1.1 |
HMMER | 3.1b2 | |
可变剪接分析 | ASprofile | 1.0.4 |
HTSeq | 0.6.0 | |
差异表达基因筛选 | DESeq | 1.22.1 |
DEGseq | 1.24.0 | |
edgeR | 3.12.1 | |
som | 0.3-5 | |
cluster | 2.0.4 | |
NbClust | 3.0 | |
GO富集分析 | goseq | 1.22.0 |
topGO | 2.22.0 | |
KEGG富集分析 | KOBAS | 2.0 |
蛋白互作网络分析 | cytoscape | 2.2.28 |
有了这套系统,相当于不费吹灰之力集齐20+套分析软件。
区别就是:寻找软件资源、下载安装、学习全英文的使用手册、反复调试、编写代码这些步骤可以统统略过,打开机器,插上电源,打开网页,五分钟就可上手操作。
2、快捷
在测序公司做项目管理时,经常会在礼拜四收到客户的加急邮件:“这个项目我们老板很急,应该也不难,这样吧,周五下班之前给我!”
有了这套系统,可以把你们“今天跑任务,明天拿结果”的愿望变成现实。
比如,我们的技术经过测试发现,有参转录组6个样本仅需6个小时,即可产出结题报告和分析结果。
附:结题报告简要目录
1 数据质控
2测序质量分析
3碱基含量分布
4数据过滤
5测序数据统计
6数据比对
7高级质控
8比对区域分布
9Reads分布密度
10表达水平的饱和曲线检查
11变异检测
12SNP分析
13INDEL分析
14转录本组装
15新转录预测
16基因结构优化
18可变剪接
19可变剪接类别和数量
20可变剪切结构和表达量
21表达定量
22表达水平统计分析
23RNA-Seq相关性检查
24样本表达水平对比
25差异分析
26差异表达基因筛选
27差异表达基因火山图
28差异基因表达聚类
29GO富集分析
30差异基因GO富集列表
31差异基因GO富集柱状图
32差异基因GO富集DAG图
33KEGG富集分析
34差异表达基因KEGG富集列表
35差异表达基因KEGG富集散点图
36KEGG富集通路图
37蛋白互作网络分析
3、省钱
以目前发文章的标准来看,一篇转录组文章需要测序数十个样本,一个项目也至少要上万元。而购买一台一体机(硬件+软件)仅需29000元,也就是说,做一个项目就可回本。
更不用说还有一个小福利:硬件如果不再需要,我们还可以回购哟~
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4、自定义
这套系统最大的亮点就在于,可以自定义分析流程。什么意思呢?简单来说,就是会写代码的生信人,可以通过这套系统,把自己的代码进行可视化。唾沫横飞地跟小伙伴讲解程序?他们听完还是一脸懵逼?不存在的!你在用自己的技术造福小伙伴的同时,也能享受他们崇拜的眼神了~
4、种类及价格
一体机这么好,难道只能分析有参mRNA转录组吗?当然不!
以下为所有种类的报价,8个种类任意选。
动植物重测序变异检测分析一体机=2.9万元
混池性状定位BSA分析一体机=2.9万元
CHIP-seq分析一体机=2.9万元
GWAS分析一体机=2.9万元
外显子分析一体机=2.9万元
有参mRNA转录组分析一体机=2.9万元
Lnc RNA分析一体机=3.2万元
16s 扩增子分析一体机=2.2万元
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