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小编试着收集了下桃基因组项目的分析，希望大家能有所收获，这是小编第一次尝试解读非技术文献，大家多包涵。
1、背景介绍
（1）桃的种类
8对 基因组大小265Mb
育种中用了少数亲本材料, 导致遗传背景狭窄, 桃遗传多样性没有随品种数量的增加而增加, 且不利于新型优良性状的改良。
“山桃”(P. davidiana)
“光核桃”(P. mira)
“甘肃桃”(P. kansuensis)
3个野生近缘种中检测到的SNP数量最多,。
亲缘关系分析发现“新疆桃”(P. ferganensis)与中国北方的“深州蜜桃”亲缘关系最近, “新疆桃”为未驯化的野生普通桃。
（2）功能研究方向
果肉腐烂、褐变、质地絮败，桃果实糖酸代谢。桃育种的主要目的不仅是提高果实品质, 包括外在品质(果实大小、色泽、质地等)和内在品质(糖酸、香气、维生素、类黄酮、纤维素等)。同时要提高果树的抗虫、抗病性, 亚热带、热带地区低需冷量品种的选育也是育种的主要目标之一。
（3）进化主要研究方向
起源中国证据确凿
证明这一点最重要的植物地理学证据之一，是我国各地分布有大量的野生桃树。尤其是我国华北、西北地区的甘肃和陕西，至今还分布着大量的野生桃树。主要种类包括山桃、甘肃桃、新疆桃。
2、文献解读
The high-quality draft genome of peach (Prunus persica) identifies unique patterns of genetic diversity, domestication and genome evolution.
Nature Genetics 2013
蔷薇科是水果产生的大户，其最重要的属有草莓属、蔷薇属、悬钩子属等。这些物种都有不同的习性和不同的水果性状，但是都是200~300Mb左右的小基因组。
我们获得了高质量的桃的基因组，其中预测出27852基因。主要的研究方向有以下三点。
蔷薇科是研究植物进化的好材料。
1、 功能基因研究
重点关注的通路和对象为
细胞壁代谢、糖代谢和转运、脱落酸和类胡萝卜素、类黄酮和调控木质素合成、乙烯合成、多元醇合成、苯丙烷代谢等和桃性状相关的重点的基因和通路。
2、 研究了桃的驯化过程。
重测序中对普通桃基因组（西中）11个品种、还有“山桃”(P. davidiana)“光核桃”(P. mira)“甘肃桃”(P. kansuensis)等三个野生种，还有新疆桃这个没有经过驯化的桃品种。
桃的起源地认为在中国西北昆仑山系，而新疆桃起源在于中亚地区。它表现出了许多未经驯化的特征。
通过分析核酸多态性，东方群体π值为1.6*10-3，西方群体为1.1*10-3.
我们推断第一次驯化出现在4000-5000年前的中国。16-17世纪传入美国。
者两次事件可以说明桃驯化的路径和其多样性减少的原因。
3、 比较基因组学和基因组进化
桃基因组分化时间在150百万年以前，在近期没有发生明显的全基因组复制事件。
虽然其祖先三倍化模块和葡萄相比较为片段化，但是仍然是可以检测到祖先的旁系同源基因的。
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