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小编最近发现一个专门储存大鼠miRNA信息资源的数据库，操作简单，结果清晰，简直是相关生物学家，以及科学家们的福音啊---- RATEmiRs: the rat atlas of tissue-specific and enriched miRNAs database
网址：https://www.niehs.nih.gov/ratemirs
下面我们来看看该数据库的内容以及它的功能：
通过摘要部分小编了解到，作者利用在大鼠组织的广泛取样中对miRNAs的深度测序的数据，开发了RATEmiRs的数据库，该数据库用于大鼠组织特异性和富集型miRNAs的图谱，使我们能够动态地确定大鼠组织和器官中成熟、同种和前体miRNA的表达丰度、富集和特异性。其中miRNA体图谱由来自12至13周龄雄性和雌性Sprague Dawley大鼠的21和23个毒理学组织组成，该数据库应用了三个管道：Eli Lilly - 非负矩阵分解，NIEHS - 泊松统计建模，Maastricht –总映射读段的百分比。Data-driven pilelines可用于组织富集（TE）和组织特异性（TS）miRNA的鉴定。Data-driven organ-specific (OS) 揭示了主要在给定器官中表达的miRNA。
在本文中作者给出两个实例：（1）RATE miRs显示肝脏中有两个TS miRNA ：rno-miR-122-3p and rno-miR-122-5p。当肝脏与大脑组织对比时，rno-miR-192-5p, rno-miR-193-3p, rno-miR-203b-3p, rno-miR 3559-5p, rno-miR-802-3p and rno-miR-802-5p也被检测在肝脏中大量表达。（2）回肠与脑组织的RATEmiRs查询中发现的55个miRNA与10周龄雄性大鼠微阵列数据的相同组织比较中发现的miRNA重叠，这表明这些miRNA可能不具有年龄特异性、平台特异性或管道依赖性。最后，作者鉴定了10种miRNA，它们在大鼠和人类物种之间具有保守的组织/器官特异性表达。
数据库内容：作者收集来自12-13周龄的5只雄性和5只雌性Sprague Dawley大鼠的器官的组织，保存并提取总RNA，如下表所示：
接下来作者通过Illumina HiSeq 分析进行从215个组织样本中提取的miRNA的Illumina测序。并通过三个独立的生物信息学流程处理了如上所述的数据。三个流程都可以进行数据处理，并执行分析以检测TE，TS和OS miRNA。
然后作者对每个流程的分析步骤进行了比较：
每条流程中实施的核心分析方法的优势和局限性：
RATEmiRs数据库包含用于存储与样本，miRNA和特定流程相关的数据的表：
数据库使用：有两种通过RATEmiRs接口查询数据的方法：
数据驱动方法根据所选择的流程和所选参数计算识别TE，TS或OS miRNA。可以选择一种组织与两种或更多种其他组织进行比较。查询接口具有不超过5个步骤以跟踪用于识别TE，TS，OS或用户定义的miRNA的分析。用于鉴定TE或TS miRNA：
1）选择所需的类型
2）选择分析流程并根据需要调整参数
3）选择一个组织与两个或多个选定的其他组织进行比较
4）如有必要，通过读段调整miRNA的过滤
Hit Go用于识别OS miRNA：
1）选择分析流程并根据需要调整参数
2）选择一个器官
3）如有必要，通过读段调整miRNA
4）点击Go
要获得用户定义的miRNA的表达：
1）选择分析流程
2）使用成熟的miRBase标识符输入miRNA列表
3）选择两个或更多组织
4）点击Go
查询和分析结果以每个组织或器官内的表格表达形式呈现：
NIEHS管道示例肝脏与其他组织的查询分析结果：包括每个组织或器官内的miRNA条形图，每个组织中出现miRNAs的箱式图，并对miRNA在样品中的表达的相似性进行聚类分析。
最后，作者对选择多个管道查询的结果绘制了韦恩图，表示检测的TE，TS或OS的有所重叠的miRNAs。
其中重叠的miRNA表明它们在组织或器官中表达丰富，而非重叠的miRNA代表每种管道分析的特异性结果。所有结果集都是可下载的。
下面作者绘制了来自肝脏的NIEHS管道的TE miRNA与其他组织的表达图和热图：
接下来，作者在回肠与脑组织的RATEmiRs查询中发现的55个miRNA与10周龄雄性大鼠微阵列数据的相同组织比较中发现的miRNA重叠：
最后，作者在10种miRNA中观察到大鼠和人之间具有组织/器官特异性的保守性：
好啦，这篇文章就介绍到这里啦，感兴趣的童鞋可以仔细阅读下，希望对大家有所帮助！
参考资料：RATEmiRs: the rat atlas of tissue-specific and enriched miRNAs database
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