今天到现在才更新的是因为小编上午去考科目三去了，再经过5次机会之后，终于过了。谢天谢地啊。不多感慨，干货送给大家。

Interpro是一个数据库，它里面有蛋白功能，蛋白家族等信息。而Interproscan就是可以将你的蛋白序列跟这个这个数据比对，从而给你的序列功能注释。

Interproscan5新增了一些功能

Phobius用来预测跨膜和信号肽

可以把结果map到上传的数据上

寻找蛋白可能的生物学代谢途径

新的输出格式XML和GFF3.0

提升了图形界面，下面咱们一起来一步一步的完成Interproscan5的本地化安装

1、系统环境及配置

环境：centos

查看系统使用

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2、数据下载

要下载三套数据分别为：

一.interproscan5 主程序，命令：

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注意如果是32位的系统请选择32位，如果怕数据丢失需要MD5验证可以下载MD5文件命令：

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二.下载Panther Model，这是一个interproscan子模块，需要单独下载，命令：

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注意MD5，和第一步一样

三.下载interproscan5本地Pre-calculated Match Lookup服务器,命令：

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注意版本对应起来

3、数据解压和环境配置

一.查看系统java是否安装如果没有安装，先安装java（安装方法和设置环境变量请自行谷歌），并设置环境变量，查看java版本命令：

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二.解压

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三.配置

1、将panther-data-9.0下的panther文件复制到interproscan-5.22-61.0的data文件夹下，文件名为panther

2、编辑interproscan-5.22-61.0文件下的interproscan.properties文件，修改两处地方如下：

注意修改第一处是将panther文件文件路径配置进去，第二处是将本地服务配置进去，这里注释了远程服务加入本地服务，本地服务端口为8081，当然更多的配置都在里面可以慢慢研究，这里不做过多介绍了

3、启动本地服务

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四.运行与问题

下载一个fasta文件测试一下是否能够运行文件名为identify.fasta

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一段时间过去出现如下错误：

别慌，这个错误是由于是因为64位系统中安装了32位程序而导致的（这里有些教程很坑爹，重新搞个ncoils把以前的给替换掉没有作用），最有效的方法如下：

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如果还报错就再按装：

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最后再运行上述命令：

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