在以前的文章中也讲过如果利用orf finder和transcoder进行orf预测，但是实践证实两款软件效果不是很好，并且通常会有多个orf序列，分析人员通常不知道那个是最好的。

目前有一款软件bestorf，生信人收录地址：http://gps.shengxin.ren/

官网：http://linux1.softberry.com/berry.phtml?topic=bestorf&group=programs&subgroup=gfind

这个软件目前是收费状态，但是官网支持一次一个转录本进行orf预测。

软件界面如下：

需要输入两个信息，第一个是转录本fa数据，可以直接粘贴也可以输入文件。

第二个是选择输入的物种，用输入的物种来进行参数训练，支持很多物种，这可能是跟其他软件不一样的地方。

然后点击search

跳转网页，结果如下：

有人要问了，这样一个个的提交太费劲啦，怎么能实现批量提交呢。

当然！

我们写了一个perl脚本，可以实现批量处理

http://pay.shengxin.ren/article-id-383.html