肿瘤干细胞指数的两种生信研究套路
生信干货
sxr ·2020年5月12日 18:41
mRNAsi是一种描述肿瘤细胞与干细胞相似程度的指标，可以认为是CSCs的量化。干细胞具有自我更新以及治疗耐药性的特征，在癌症中发挥着重要作用。目前研究肿瘤干细胞大多通过RNA计算的mRNAsi进行相似程度评估。
小编通过对19年和20年的文章进行研究，总体上说一共有两种相关的设计思路。代表文章：胱癌癌症干细胞（CSCs）的文章[Frontiers in Oncology；2019.7]1. 在BLCA中mRNAsi的分子亚型以及临床特征由于正常mRNAsi与肿瘤有显著差异，作者进一步进行了差异表达分析。从分析中筛选出8,510个DEGs，其中5,422个上调，3,088个下调。（图1B）代表文章：Prognostic Value of a StemnessIndex-Associated Signature inPrimary Lower-Grade Glioma [Frontiers in genetics；2020.5]主要通过TCGA中已经公布的mRNAsi相关的基因直接跟差异基因取交集。然后包括差异分析、WGCNA、富集分析、风险模型、免疫评分，外部验证等。
