系统树（phylogenetic tree）是表达类或序列间系统发育关系的一种树状图。

系统（发育）树

1有根树和无根树：以外类群作为树根的系统树称为有根树，没有外类群为树根的称为无根树。

有根树

无根树

2标度树枝和非标度树枝：

树枝的长度代表了性状状态变异的数量，称为标度树枝系统树

若各树枝的长度并不表示性状状态变异的数量，但所有节点的位置仍与分化时间相对应，可称为非标度树枝系统树。

3基因树和物种树：基因树是由一个基因所构建的系统树；物种树则表达了某一特定类群的进化路径。

基因树与物种树的区别

(1)对于某一被研究的基因,可能存在种内多态性,即在物种分化之前,该基因可能已经开始分化。

两物种间该基因的分化时间可能早于这两个物种的分化的时间。

由这一基因计算而来的分支长度(分歧时间)可能偏离.

(2) 基因树的分支情况(拓扑结构)可能不同于物种树。

一般发生在分支点非常接近的物种间。

例如人，猩猩和黑猩猩间的关系。通过增加DNA序列的长度并测定多个相互独立的基因片段,一般可以避免这种问题的发生。

系统树构建方法．主要有简约法(Parsimony method)、相容法(compatibility method)、距离矩阵法(distance matrix method)和最大似然法(maximum likelihood method)等。（常用的算法包括最大似然，贝叶斯和近邻）。

常用的构树软件

MEGA

TREE VIEW（看树软件）

FIG TREE (看树+编辑)

PHYML

R语言中的构树包等

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