Frontiers in Oncology|与年龄相关的胆管癌基因组研究
生信干货
啧啧啧 ·2020年4月10日 00:12
今天跟大家分享的是今年一月份发表在Frontiers in Oncology（IF: 4.137）上的一篇文章，旨在探讨青壮年胆管癌患者的临床和分子特征。Genomic Features and Clinical Characteristics of Adolescents and Young Adults With Cholangiocarcinoma 在15 - 45岁之间被诊断为癌症的青壮年患者(AYAs)可能表现出独特的生物学和基因组特征以及临床特性，从而导致其在临床特征和耐药性方面存在差异。与其他实体癌相比，研究者们对这一年龄组的胆管癌（CCA）研究相对较少。本研究旨在探讨青壮年胆管癌患者的临床和分子特征。与老年人相比，青壮年胆管癌患者的总体生存率较差。尤其是对于接受化疗的胆管癌患者而言，青壮年往往与较差的总生存时间(OS)相关。从解剖学角度看，青壮年组肝外胆管癌患者明显增多。在本研究中，3%的老年患者发生微卫星不稳定 (MSI)。然而，没有一个青壮年患者存在MSI。另外，青壮年患者ASXL和KMT2C突变频率高于老年患者。除ASXL1和KMT2C外，对青壮年胆管癌患者相关基因进行富集分析，发现其与较差的分化等过程有关。一． 青壮年胆管癌患者的临床病理特点，分子特征以及体细胞突变频率本研究将TCGA，MSKCC和中国某医院收集的胆管癌患者纳入分析。以15-45岁为界限，将胆管癌患者划分青壮年组与老年组胆管癌患者。对于医院收集患者，从预后角度看，青壮年组患者较老年患者OS延长，但差异不显著(图1A)。针对接受化疗的IV期患者，青壮年与OS显著较差相关(图1B)，生存期仅仅是老年患者的一半。从解剖学角度看，青壮年组中存在更多的肝外胆管癌患者（eCCA）(图1C)。PD-1阻断治疗为TMB、MSI-H和dMMR高的患者提供治疗机会。因此，研究者还对两组之间的MSI评分、MSI/MSS状态和TMB状态进行分析(图1D)。尽管两组MSI评分相似，但是研究表明，3%的老年患者发生MSI，青壮年患者都没有出现MSI状态(图1E)。另外，青壮年组与对照组TMB相似(图1E)。另外，青壮年患者ASXL和KMT2C突变频率高于老年同类。ASXL是去泛素酶复合物的专性调节亚基，KMT2C突变频繁，被认为对多种癌症发生发展至关重要。
对于TCGA数据集中患者而言，青壮年患者MCM8基因突变显著升高(p < 0.05)。除KMT2C外，在青壮年胆管癌患者中还观察到LAMA4、AGAP6等突变显著富集(图2A)。在蛋白表达方面，BCL2L11在青壮年患者中表达显著下调(图2B)。接着，研究者又通过GEPIA数据库验证KMT2C、ASXL1和MCM8在胆管癌患者中的表达水平，发现这三个基因在肿瘤组织中均有过表达(图2C -E)。另外，三个基因的表达水平与肿瘤分期和总生存率无关(图2F-H, 3A,B)。ASXL1与KMT2C表达具有较强相关性（rho=0.83，图3C)。
对青壮年胆管癌患者中富集的基因（即在青壮年与老年胆管癌患者中突变频率，基因表达等方面存在差异的基因），利用KEGG通路, GO生物学过程， Reactome Gene Sets, 和Canonical通路等进行生物学过程和通路的富集分析（图3 D）。并且基于青壮年胆管癌患者的富集基因构造遗传互作网络(图3 E)，并分别根据节点基因富集到的通路或生物学过程（图3 F）以及富集到通路的p值（图3 G）对互作网络进行着色。
图3.ASXL1与KMT2C表达对预后的影响以及遗传互作网络的构建对外部基因组数据(TCGA、MSKCC)进行分析，发现肝外癌症患者的OS显著优于肝内患者，也略优于门周胆管癌患者(图4A,B)。基于包括245名门周胆管癌患者的预后信息，进一步对青壮年和老年患者差异进行研究。有趣的是，这些患者有相似的PFS和OS(图4C,D)。此外，青壮年患者往往分化能力较差(图4E)，并且晚期肿瘤比例较高(III期和IV期，67%，图4E)。然而本研究收集的所有的青壮年胆管癌患者均表现出中度和较差分化能力(表1)。经化学检查比较，高龄患者(>45岁)的总胆红素值明显升高(图4F)。
图4.外部基因组数据(TCGA、MSKCC)的临床特征以及预后分析本研究旨在探讨青壮年胆管癌患者的临床和分子特征，首先，对中国某医院收集和TCGA的胆管癌患者进行研究，探究青壮年胆管癌患者的临床病理特点，分子特征以及体细胞突变状态，并对青壮年胆管癌患者中富集的基因进行富集分析，构建互作网络，最终，对外部基因组数据(TCGA、MSKCC)进行临床特征和预后分析。今天的文献解读到这里就结束了，是不是很容易get呢，我们下次再见吧！
