如何安装`PhyML`并行版

1. 安装`MPICH`

1.1 下载源代码

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1.2 编译安装

tar -zxf mpich.tar.gz
cd mpich-3.3
./configure --disable-fortran  # 不需要编译fortran程序
make
make install #（需要root权限）

1.3 `mpirun`

一般编译完成之后，系统内已经存在mpirun这个命令了。运行的方法是：

mpirun -np + 进程数目 + 支持mpich的程序

例如：

mpirun -np 4

代表以4个进程运行某程序。

2. 安装`PhyML`并行版

2.1 下载源代码

git clone https://github.com/stephaneguindon/phyml.git

没有安装git的话，可以去PhyML的github地址下载。

2.2 编译安装

# 解压下载下来的文件，并进入解压后的文件夹
autoreconf -i #（如果运行失败，请以管理员用户安装autoconf：yum install autoconf）
./configure --enable-mpi --enable-phyml
make
make install # 需要root权限

2.3 `phyml-mpi`

编译完成之后，系统内即有phyml-mpi这个命令了。运行这个命令的方法请看phyml的文档。

phyml-mpi这个命令与phyml的不同是：

phyml-mpi支持使用mpich并行运行。

3. 并行运行`phyml-mpi`

3.1 公式

mpirun -np 4 phyml-mpi -i spl.phyi -b 100

3.2 说明

mpirun -np 4后面跟的是原始的PhyML命令，例如：

phyml-mpi -i spl.phyi -b 100

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如何安装PhyML并行版

1. 安装MPICH