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青年节这天nature communications 在线发表了籼稻基因组文章，这个基因组接近准完成图。
如果说山羊基因组的发表是动物基因组研究的标杆，那么水稻基因组的发表就是植物基因组的标杆。最起码说是小植物基因组的标杆。
文章组装的技术主要应用了二代、三代、fosmid Sequence tags 还有光学图谱进行验证。其共组装出390.3 Mb的序列，覆盖籼稻基因组99%的区域，超级接近完成图。另外其还利用该基因组跟日本晴基因组进行了比较，还利用他俩跟其他的17个水稻（栽培和野生）进行了比较。
文章中利用fosmid Sequence tags 对contig 进行进一步的搭建来构建super contig 这一部分，小编不是很理解，为啥不直接利用光学图谱进行挂载，是因为分辨率不够，还是当时觉得技术上不可靠。这里如果有内部人士，可以跟小编讲一讲。
首先看下其使用的构建超级contigs的方法。
简单说呢，就是首先利用纠正之后的三代数据进行contigs组装，然后利用fosmid 进行延长。最后利用遗传图进行挂载染色体。挂载染色体这一部分呢可以参考HIC技术中的定位，排序，利用图论挂载，技术路线如出一辙。而fosmid部分可以参考光学。
可以说水稻的三代+fosmid+遗传图 是另一种形式的三代+光学+HiC。
大家老膜拜下高质量的水稻准完成图。
几乎没有gap啊。好牛叉。
利用这个版本的水稻跟日本晴比较。
以表的名义继续比较
小编有话说
原来二代基因组刚出来的时候，也是是个基因组，就是十分以上，目前看来三代也是是个基因组就是十分以上，难偏怪的就更容易啦。如果还有点科学故事，恭喜你，可以冲击30分啦。
参考文献
测序容易，分析不易，且发且珍惜
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