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分子钟和中性学说。

上世纪60年代以前，大家对进化论的认识是，基因突变要么是好的（被自然选择留下来），要么是坏的（被自然选择淘汰掉）。随着基因序列数据的慢慢积累（实验数据也很重要～），开始有人用序列比对来分析不同物种间的同一个基因（ortholog）的序列。Zuckerkandl和Pauling发现，物种间的序列的差异大小总是跟物种分化的时间（由化石证据推算）成正比（即分子钟）。如果突变是否被接受完全是由自然选择决定的，那么我们不应该看到这个现象，而应该看到序列的差异大小与生存环境的差异大小以及自然选择（种群大的自然选择强）的强弱成正比。这个发现后来为中性学说的提出(Kimura)作了很好的铺垫。中性学说指出，基因突变只有少数是好/坏的，大多数是中性的，能否被接受完全是随机的，因此进化时间越长，随机积累的差异就越多，所以会有分子钟的现象。现在在基因型的水平上（与之相对的是表型的水平），大家都已经接受了中性学说。

另外，当年测序和做序列比对可不像今天那么容易。序列比对的算法在生物信息学里面也算是很重要的一块了，可以说的很多，就不展开了。

参考文献：

Zuckerkandl, Emile, and Linus Pauling. "Evolutionary divergence and convergence in proteins." Evolving genes and proteins 97 (1965): 97-166.
Kimura, Motoo. The neutral theory of molecular evolution. Cambridge University Press, 1984.

话说分子钟那篇论文出来的时候，生物信息还没多少人关注的说，发展的很快呢。
这个问题关注了好久，说生物信息没有重大发现的是因为你们不读相关方面的文章，对其他领域的应用不够了解。排名第一的答案说的就是在进化领域的应用，我就直接补充一些相关的例子好了。

前几年铺天盖地的都是禽流感的新闻，2009年 H1N1和2013年的 H7N9闹得人心惶惶，可是谁知道为什么禽流感就突然有了传染给人的能力，而对这个问题的研究和解答就是生物信息给出的结论，再经由实验验证的，是典型的生物信息指导实验设计的结果啊，在整个病毒学领域都是非常重大的发现，也和普通群众的日常生活息息相关。研究的每一步都是生物信息的范围，取样之后 NGS 测序，结合 NCBI 已有的数据，重建系统发育树，然后追溯病毒基因组的祖先和来源。

首先是 H1N1，研究发表在2012的 nature，几乎是病毒进化必讲的例子。给出文章连接Origins and evolutionary genomics of the 2009 swine-origin H1N1 influenza A epidemic : Article : Nature.这其中最重要的结论就是下面这张图。图中右侧各种线汇聚到 H1N1 S-OIV 2009 human outbreak，这是说明了2009肆虐的 H1N1型流感的基因组来源，仔细看每一条线的来源，你就能发现 H1N1型禽流感世界上是一个新型的重组病毒，基因组来源涵盖了 H1N1禽流感，三次重组猪流感和 H3N2人流感病毒。这种新型病毒并不是因为一些基因突变产生的，而是竟有『漫长』的进化(肉眼可见的进化事件)逐步获得了感染人的能力，而这种能力是经由人类病毒赋予的。
然后再说H7N9，这个就发生在国内。文章还是发表在 nature，给出链接http://www.nature.com/nature/journal/v502/n7470/full/nature12515.html。要是感觉上面那个可能是运气，我就再给一个相同方法的研究。下图依旧是最关键的结论。结论就是2013年的 H7N9为什么能传染给人，这种新型病毒经由 H9N2和 H7N7重组获得了传染人的能力。


说完这两个，再说一个在生物进化上的应用，都是极其重要的研究结果，其中不乏领域内里程碑式的研究。材料是古生物样本的线粒体 DNA，没错就是当年说线粒体夏娃的那种方法。对象是驴，没错就是那种好吃又蠢萌蠢萌的生物，要回答的问题就是全世界的驴都是从哪里来的，也就是驯化的驴的起源。重要的文章有三篇，第一篇最重要是论述的开始，发表在2004年的 science。说的就是一件事情，全世界的家驴都是来自埃及的两个驯化种，注意，是全世界哦！也就是说按祖先说，我们看到的家驴都是『进口货』。结论的核心就是下面这张挫挫的图片，结论很简单，就是现在的家驴是经由努比亚野驴和一支索马里野驴的亲戚野驴驯化得来，所以驯化的家驴一开始就有两个血统，而驯化发生在哪里？埃及，没错，古埃及人驯化的。而这两种野驴都是非洲野驴的后代。作者跑了51个国家，收集了各国家驴的数据，然后测序线粒体 DNA，绘制了上图。紧接着有研究者在上图的基础上进一步扩大的数据量，使家驴非洲起源更加可靠。他们文章链接在这里http://rspb.royalsocietypublishing.org/content/278/1702/50.long，结论也是一张图片，就是对上图的补充。最重要的补充是，新的数据不但有现代家驴的线粒体 DNA，还有古埃及出土的样本 DNA。下图结论于上图结论完全一致，现代家驴的起源在非洲，有两种野驴被驯化了。
那么亚洲也有野驴啊，古代中国是农业大国，我们也出土过驴的化石，有没有可能自己驯化野驴？于是国内的研究者，在上图的基础上进一步加入了更多，注意是更多的，中国家驴样本，结论在这里『Mitochondrial DNA diversity and population structure of four Chinese donkey breeds.』网站维护了，暂时木有图片。不过结论很简单，就是进一步支持了上两张图的结果，中国的家驴都是『进口货』。

所以你看，这些都是生物信息分析的重要结论，在各自的领域都有举足轻重的地位。你要是觉得在生物信息领域做不出什么重要结论，我可以明确的告诉你，小朋友，你还没入行。你要是说这都是实验支持的，那我只能说有本事你做完 PCR 不要照片啊！

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