普通小麦是由祖先野生的一粒小麦(乌拉尔图小麦，含AA基因组)与拟斯卑尔托山羊草(Aegilops speltoides，含BB基因组)杂交形成四倍体野生二粒小麦(Triticum turgidum，含有AABB基因组)。大约8000以前，亚洲西部肥沃新月地带，野生粗山羊草双二倍体(2n = 14; DD)和栽培四倍体小麦 (2n = 4x = 28; AABB)自发杂交产生了六倍体小麦(T. aestivum; 2n = 6x = 42; AABBDD)。

2013年，中国科学院遗传与发育生物学研究所植物等处，首次测序完成了普通小麦A基因组序列草图。相关研究于2013年3月24日发表在Nature杂志。

2013年中国农业科学院、华大基因等处对Ae. tauschii基因组进行测序，获得了小麦D基因组供体种——粗山羊草基因组草图的绘制，相关研究论文在线发表在Nature杂志上

2014年，国际小麦基因组测序协会在美国《科学》杂志上发表论文说，他们对一种叫做“中国春”的小麦品种的每个染色体臂进行了分离、测序及组装，绘制完成了普通小麦（AABBDD）的基因组草图。

2014年《科学》杂志还公布了小麦最大的染色体——3B染色体的第一条参考序列，这为小麦其余染色体的测序提供了概念验证与模板。

2017年7月7日，Science在线发表以色列特拉维夫大学等单位合作完成的题为“Wild emmer genome architecture and diversity elucidate wheat evolution and domestication”研究论文，该论文公布了野生二粒小麦基因组（AABB）数据。

2017年11月Nature在线发表了小麦D基因组供体——粗山羊草的基因组研究论文，第一作者是美国加州大学戴维斯分校罗明成教授，美国农业部农业研究组织顾永强，约翰霍普金斯大学医学院Daniela Puiu, 乔治亚大学Wang Hao和亥姆霍兹慕尼黑研究中心的Sven O.Twardziok，通讯作者是Steven L. Salzberg, Katrien M. Devos和Jan Dvořák。

2017年11月，中国农业科学院作物科学研究所研究员贾继增主导的研究团队在小麦D基因组供体测序研究中又取得新进展，该研究揭示了转座子（TE）在小麦基因组中的重要功能，研究成果将极大加速小麦重要基因克隆和分子育种研究。相关研究论文于2017年11月20日在线发表在《自然—植物》上。

2018年5月中科院遗传所梁承志在Nature发布小麦供体A全新基因组。

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