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Genewise 是用来做蛋白质序列和 DNA 序列之间的比对，软件比对过程中会考虑剪切位点信息，所以能够定义出 intron/exon 结构，同时它和 blast 的最大区别是它能够把基因的多个 exon 的链接起来，从而得到基因整体的比对情况。
Genewise 只能一次进行一条蛋白序列和一条核酸序列的比对，同等运算量的情况下，运行时间较 blast，blat，sim4 等慢，由于进行的是蛋白质水平的比对，所以敏感性比blat，sim4等要高。
下载：
该软件包可以从 EBI 的网站上免费下载，目前最新版本的软件下载链接如下：
ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/unix/wise2/wise2.2.0.tar.gz
1.上传大型机
2．解压缩：
gzip –d wise2.2.0.tar.gz
tar –xvf wise2.2.0.tar
3.查看解压的文件
4 编译源程序
进入 src 目录（cd src）
在命令行键入 make all
编译完成后，可执行文件放在了/src/bin 目录下面。
默认是用 cc 编译源代码，如果编译报错的话，很可能是 CC 编译器有问题，可以试一下用
gcc 编译，命令如下：make CC=gcc all
Could not build objects!
使用
程序运行命令行：
genewise
genewise –genesf [other options]
输入
Fasta 格式的蛋白序列
AK058311”AK058311”,1615,””,””,92,1438,”001-013-H11”
MGQGTPGGMGKQGGAPGDRKPGGDGDKKDRKFEPPAAPSRVGRKQRKQKGPEAAARLPNV
VMKVEKAPLESYADIGGLDAQIQEIKEAVELPLTHPELYEDIGIRPPKGVILYGEPGTGK
KVTHADFKKAKEKVMFKKKEGVPEGLYM
Fasta 格式的核酸序列：
AK058311_Chr03_11499998_11507414
AATATCACCAGTGTCTTATAAGCAATTACACCAATTTTATTGGGGGTGTTCCTCAATAGT
TCGACGATCATGATGTCATGTCACCGAGGAATGAAAACGGAGCAGATAATTCTCTAATAG
TGAGACATACTCCAATTCTTTATAACTCTACCACCTTCAATATACCTTTTAGATTTTATA
AAGCCCAAGATACTTGAAAAGAACAGAAAAACAGAAG
在默认参数情况下，输出的结果包括三部分：
（1）在结果中，前半部分为参数列表，提示用户该 genewise 比对所用的参数。其中，
“Query protein”为用户提供的 query 蛋白质序列的名字，“TargetSequence”为用户提供
的 target DNA 序列名字；比对用的打分矩阵；剪切位点模型等参数；
（2）genewise 比对的 score 值。信息如下：
Score 909.67 bits over entire alignment
Scores as bits over a synchronous codingmodel
其中的“909.67”为该 genewise 比对的打分，分越高，说明比对的质量越高；
（3）genewise align 信息：
比对结果的显示 6 行一组，如上显示。其中第一行是用户输入的蛋白质序列；第二行显示
的是能够和 dna 序列精确比上的氨基酸；第三行是 dna 序列翻译出来的氨基酸序列；四到五行
分别表示的是对应的氨基酸 0,1,2 三个相位的碱基；
AK058311 422 VTHADFKKAKEKVMFKKKEGVPEGLYM
VTHADFKKAKEKVMFKKKEGVPEGLYM
VTHADFKKAKEKVMFKKKEGVPEGLYM
AK058311Chr03 5334TAGgacggtaagagagataaagggcggcta
-0>tcacataacaaatttaaaagtcagtat
gatctcggcaggcgcgggatagagttg
Genewise的常用功能：
（1）定义基因在基因组 DNA 上的 intron－exon 结构
用户使用的命令行：
genewise -both -genesf input-protien1.fainput-dna1.fa >output1.genewise.out
（2）当那拿一个物种的基因和另外一个物种的基因组 dna 进行比对时，就可以定义基因在另
外物种基因组上的同源性和基因结构，通过这些信息可以方便研究基因的进化
用户使用的命令行：
genewise -both -genesf -cdna input-protein2.fainput-dna2.fa >output2.genewise.out
结果：序列的同源性可以根据 identity 和 cutoff 两个参数获得，其中identity 是精确比上的氨基酸占参与比对的氨基酸长度的百分比，cutoff 是参与比对的氨基酸占蛋白质总长的百分比。
（3）检测假基因
用户使用的命令行：
genewise input-protein3.fa input-dna3.fa >output3.genewise.out
当比对的结果里面出现“!”时说明 dna 序列中出现了移码突变，当比对中出现 X 时说明出现了 premature stop codon。假基因的信息同样可以用DealGeneWise.pl 程序结果得到，格式如上表所示；f 代表是否存在 frameshift 的突变，如果存在，值为 1，否则为 0；s 代表是否存在不成熟的终止密码子，如果存在，值为 1，否则为 0。
举例：下面的事情就可利用用Genewise做。
检测嗅觉受体（olfactory receptor）基因在 human，chimpanzee，mouse 和 rat 之间
的同源性；
提示：由于定义基因水平的复制必须要基于能够检测到较完整的基因的 copy 信息，
genewise 比较适合这种工作，但是由于 genewise 是全局的比对，所以需要先对基因进行大体的定位，可以通过 blast 等局部比对的软件进行比对得到基因大体的位置信息，再通过 genewise确定是否是基因的 copy。
对 genewise 的比对结果进行一下过滤，把其中 score 值比较小的，或者比上的区域占输入
蛋白质序列比较少的过滤掉，根据不通的需求，百分比的定义会有所不同，过滤之后的可以定义为输入蛋白质的拷贝，从而可以得到基因的拷贝数。
祝大家在新的一年里，学业事业双丰收。
