测序技术哪家强

二代准

三代长

光学Hi-C

装出大山羊

测序公司不会选

生信人

来帮忙

引子

前段时间，有学妹让我介绍下各个测序公司，哪个比较牛叉。给排排名，我感觉自己能力不够，所以就拒绝啦。

小编是基因组出身并且最近掌握了些各家测序公司的情况，可以

从组装基因组的角度为大家解读下目前测序公司各家的实力

不排名，只是通俗讲解。

首先做过基因组或者没有做过基因组的都清楚，物种的基因组测序是一个物种研究的开始，而这个物种基因组测序完整度和准确性会严重影响后续工作的开展。

最重要的指标是什么，就是N50和基因组完整度（不知道的看历史消息）

传统二代测序技术组装算法大多都是基于图论的思想，因此组装中遇到的最大的问题就是对于高重复和高杂合基因组，组装效果较差。有很多软件致力于用算法解决这些问题，比如Platanus 软件，还有前段时间刚发布的软件Redundans等。这些软件核心的原理其实就是减少杂合选择的情况。大家感兴趣的看历史消息。

三代测序技术介绍

杂合反映在de bruijn图上是很多的bubble（如上图）。如果用小的kmer进行组装，则不能有效的确定bubble之间的连接路径，因此会出现连错或者直接组装中断的情况。使用super reads后，kmer可以放大，距离较近的bubble会被直接识别成一个长的bubble，直接任选一条路径，即可输出contig序列，而不会有杂合路径选错的问题。

也就是说长read 可以之间跨过杂合区域，然后就不存在杂合选择困难的问题啦，解决问题一步到位。还有就是三代测序技术牛叉在于单分子测序，对于高杂合，高重复，或者高GC，都一样，不存在任何偏好。

通过上面的介绍，可以知道三代测序技术可以显著的提升contig 组装水平。

举例：

红豆基因组三代测序技术组装结果较二代 contig水平提升了100倍。Gap较少了100倍。

另外红豆基因组中还用到了光学图谱。

光学图谱介绍

光学图谱的作用其实是很简单的，作用类似于遗传图谱，他就是对整条基因组序列进行拍照，获取相应的位置，然后将contig连接在一起。

他目前的应有范围主要有：

1、提升scaffold组装水平。

2、挂在染色体（和遗传图一起，效果更好）。

山羊基因组中，利用光学图谱技术，得到的scaffold组装的N50水平13.408Mb。

Hi-C技术介绍

经常关注生信人的童鞋，应该看过Hi-C原理的那篇文章。这里不赘述，Hi-C技术也是主要用于挂在染色体的，主要应用也是提高scaffold组装水平和挂载染色体，但是由于对样品要求较高，所以在国内应用的地方还是不多，但是由于其价格较为便宜，还是很有市场的。

山羊基因组中利用三代+光学+Hi-C得到的最终的结果scaffold 为87.347 Mb。

所以个人觉得如果真的想发高分，真的想得到好的基因组，还是得舍得投入，要不结果让人纠结死。

哪家公司有实力

最后小编八卦下哪家公司具有这个实力进行这么牛叉的基因组组装呢。

1、华大基因：具有三代测序平台+光学平台，Hi-C有没有不清楚，官网上没有看到

2、百迈客：三代、光学、Hi-C都有，但是他们的官网是超级的低调，宣传手册中大多也是宣传百迈客云。

3、未来组：有三代

4、诺和致源：应该没有三代测序技术平台，他们的宣传手册上一直在宣传一个组装软件，说能达到和三代一样的水平，这个我有点质疑，有没有内部人爆料。

5、安诺优达：只有Hi-C 

6、其他的公司，暂时不清楚，大家有相关信息的，留言。

大家如果有不同见解的：留言~~

建议

现在这个测序服务市场，超级的混乱。公司之间互相外包，项目被倒手情况频繁。建议如果有真的想做项目的，还是得找一家设备齐全的公司。

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