图书介绍:
在生物信息学领域,高通量测序+高性能计算已经成为主要的解决方案。北京市计算中心作为多年致力于该领域,并以数据分析为主要优势的一线机构,经过多年的积累,总结推出著作《高通量测序与高性能测序-理论和实验》,完备地介绍了从测序的实验准备,数据产出,结果分析与绘图,乃至高性能计算机平台,以及云平台架构与管理等各个领域,具体内容细化到,数据的来源,软件的使用,硬件的选配,流程的搭建,代码的编写等,是一部诚意满满的良心之作。本书不仅在生命科学研究中,也在基因组学与精准医疗作领域,是值得推荐的参考教材和操作手册,可以为相关领域的广大使用者提供了切实的帮助。
具体来说,本书分为“测序技术进展”、“高通量测序实验技术”、“生物信息分析环境构建”、“高通量测序数据生物信息分析”四章,其中,前两章以测序技术与实验为主,后两章为本书的重点内容,篇幅占到全书的近3/4,系统地从高性能集群综合解决方案、生物信息分析环境搭建、数据库的应用、软件的安装、分析流程的技术实现等非常翔实的内容。在数据分析内容,涵盖了De novo、全基因组重测序、外显子、目标区域测序、转录组、MicroRNA、LncRNA、环状RNA、宏基因组、DNA甲基化、Chip-seq,具体技术内容细化到,如,数据质量控制、序列比对、变异检测、表达量差异分析、基因组拼接、结构分析等,书有大量真实代码与结果示意图,将软件的具体使用方式、命令行、参数等都尽量充实地在书呈现;在平台建设内容中,涉及大数据分析及云平台的最新前沿技术,包括Hadoop、HDFS、Yarn、Spark等在生物信息数据分析中的应用,以高性能平台的架构方式与方案选择等,干货满满(详细本书目录)。
本书的的宗旨不仅着重于生物信息学的研究本身,也着眼于生物伯息学的前沿发展与技术应用。由于生物信息学己成为了一门基础学科和不可或缺的技术手段和研究工具。而基于高性能计算的高通量数据分析,可谓最为重要的实践路径。
目录
2.9.3 甲基化DNA免疫共沉淀测序(MeDIP-Seq)
4.5.3 基于16S rDNA/18 S rDNA/ITS靶向测序数据分析流程
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