15分，又是15分的Molecular Cancer！不知道大家是否还记得上周分享的15分纯生信文章。那篇文章发表在Molecular Cancer，当时提醒大家赶紧收藏，晚了就被别人发现了。这不，时隔七天，同样的杂志上发表了研究目的相似的纯生信文章。文章同样以识别用于mRNA疫苗开发的有效抗原为目的，进行了纯生信的分析。文章首先识别了胆管癌中与良好预后和抗原呈递细胞浸润相关的拷贝数扩增且突变的基因作为潜在抗原。为了从极其不同的人群中选择合适的患者，识别了胆管癌潜在免疫亚型，并进行刻画。研究结果可能会为科学家和肿瘤学家提供有价值的信息，并为进一步开发和管理癌症疫苗提供可靠的参考。

文章三月八号发表在Molecular Cancer（IF: 15.302）。

Identification of tumor antigens and immune subtypes of cholangiocarcinoma for mRNA vaccine development

识别胆管癌肿瘤抗原和免疫亚型以开发mRNA疫苗

摘要：

基于mRNA的癌症疫苗已被认为是一种有前景的策略，也是癌症免疫治疗的下一个热点。然而，其在胆管癌中的应用仍然很大程度上未被表征。这项研究旨在鉴定胆管癌的潜在抗原，以开发抗胆管癌的mRNA疫苗，并确定胆管癌的免疫亚型，以从极其不同的人群中选择合适的患者。

材料方法：

TCGA GEO胆管癌表达谱与临床信息，cBioPortal，GEPIA2，TIMER，WGCNA，CIBERSORT，IGP，clusterProfiler

结果：

1.识别CHOL中潜在肿瘤抗原

图1.识别CHOL中潜在肿瘤抗原

2.识别与CHOL预后和抗原呈递细胞相关的肿瘤抗原

图2.识别CHOL中预后相关肿瘤抗原

图3.识别抗原呈递细胞相关肿瘤抗原

3.识别CHOL潜在免疫亚型

图4.识别CHOL潜在免疫亚型

4.免疫亚型与肿瘤TMB和突变的关系

图5.免疫亚型与TMB和突变的关系

5.免疫亚型与ICP和免疫原性细胞死亡调空因子的关系

图6.免疫亚型与ICP和ICD的关系

6.免疫亚型与CA19-9和CA125的关系

图7.免疫亚型与CA19-9和CA125的关系

7.免疫亚型的细胞和分子特征

图8.免疫亚型的细胞和分子特征

8.CHOL免疫landscape

图9.CHOL免疫landscape

9.CHOL免疫基因共表达网络模型和免疫hub基因

图10.识别免疫基因共表达模块

图11.识别CHOL免疫hub基因

总结：

两篇文章的研究目的相似，都是为肿瘤mRNA疫苗开发提供参考。但是，研究内容却是不一样，先前的文章识别的抗原是过表达且突变的基因，今天这篇文章识别的是拷贝数扩增且突变的基因。此外，先前识别的抗原与不良预后相关，今天的文章识别的是与良好预后相关的抗原。所以，两篇文章提供了两个角度来进行探索，严格来说，可以为我们提供两个参考的思路了。最后，当你看完今天这篇文章，质疑和顾虑应该要先放一边，需要担心的是，现在上车算不算晚。