知识中心 - 北京概普生物科技有限公司(GapTech)

差异表达+突变分析（分子对接）思路介绍

生信干货 sxr ·2019年8月4日 22:32

Gene Expression Profiling Analysis Reveals Putative PhytochemotherapeuticTarget for

Castration-Resistant Prostate Cancer

今天跟大家分享一个可以模仿的公开数据库纯生信分析的文章思路。文章8月2号发表在Frontiers in Oncology（4）上。

之前生信人推广过分子对接的课程，说过分子对接是生物信息研究预后marker的另外一条腿。这个文章可以更好的解释下这一点。

课程报名二维码

背景介绍

去势抵抗性前列腺癌（CRPC），是指经过初次持续雄激素剥夺治疗（ADT）后疾病依然进展的前列腺癌。目前已上市的用于CRPC的治疗药物，均不可避免地存在不同程度的快速抵抗性并缺乏“持久性受益”。而通常药物治疗效果与人体内基因多样性以及耐药突变息息相关，因而针对“去势”抵抗寻求新的治疗基因位点具有非常重要的意义。为了实现这一目标，本研究分析了导致去势CRPC抵抗性前列腺癌相关的各种表达基因，并发现了新型的抗药靶点，以及潜在性靶点抑制剂的替代性植物化学物质。

方法

1. 从NCBI基因综合表达数据库(GEO)中筛选出与CPRC疾病相关基因数据（GSE21887）。

筛选出去势敏感和去势抵抗的8个样本。

2.利用limma包进行差异分析，然后选择最显著的基因进行研究，最后确定为GUCY1A2。

3.在UniProt 数据库获取野生型、突变型GUCY1A2蛋白质氨基酸序列，并通过蛋白质同源建模方法获取得所有蛋白质三维结构；

4.通过I-Mutant adaptation工具，预测突变基因对于蛋白质结构稳定性影响，预测参数包括蛋白质自由能差异值(DDG)、稳定质数因子(RI)等，并通过MutPred等工具预测突变基因对蛋白质结构与功能差异影响；

5.从天然植物抗肿瘤活性化合物库中，得到已知生物活性验证的242小分子化合物，针对所有野生与突变型蛋白，进行多靶点虚拟筛选，最终得到具有潜在抗药活性的先导化合物分子；

6.对获取所得的潜在先导化合物，通过计算机辅助药物设计方法，进行“药物动力学”和“毒性”预测分析，获取化学物在人体内吸收（absorption）、分布(distribution)、代谢(metabolism)及排泄(excretion)过程活性数据，进一步获取具备潜在成药性化合物分子。

欢迎关注生信人

TCGA | 小工具 | 数据库 |组装| 注释 | 基因家族 | Pvalue

基因预测 |bestorf | sci | NAR | 在线工具 | 生存分析 | 热图

舞台|基因组 | 黄金测序 | 套路 | 杂谈组装 | 进化 | 测序简史