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miRNA在基因表达调控中扮演着重要的角色。一直以来都是研究的热点之一，今天，小编就为大家带来十个miRNA数据库，方便大家的miRNA研究。
网址：http://plantgrn.noble.org/psRNATarget/home
简介：植物调节性小rna (sRNAs)包括大部分的microRNAs (miRNAs)和少量的小干扰rna (siRNAs)，如phasiRNAs (phasiRNAs)，在基因表达调控中发挥着重要作用。尽管这些调控rna产生于不同的遗传生物发生途径，但它们在翻译后基因沉默和翻译抑制方面具有相同的机制。psRNATarget是通过
使用预定义的评分模式分析sRNA序列和靶mRNA序列之间的互补匹配；
通过评估靶位点可及性来识别植物sRNA靶点。此次更新通过开发一种新的评分模式，能够在不显著增加总预测输出的情况下，以更高的“召回率”发现miRNA-mRNA的相互作用，从而增强其分析性能。
评分过程是可定制的，以便用户搜索规范和非规范目标。这一更新还支持传输和分析“大”数据实现多线程文件上传，可以暂停和恢复，使用HTML5 api和分配更多的计算节点到其后端Linux集群。更新后的psRNATarget服务器具有清晰、引人注目和用户友好的界面，增强了用户体验，并清晰、简洁地呈现数据。好处是可以通过载入miRNA的信息预测其靶基因、载入一个基因预测miRNA或可以载入miRNA和基因预测其结合情况。
网址：http://www.mirbase.org/index.shtml
简介：miRBase数据库旨在为综合microRNA序列数据、注释和预测基因靶点提供集成接口。miRbase 是由曼彻斯特大学的研究人员开发的一个在线的miRNA数据库，该数据库中收录了来自200多个物种，接近4万个miRNA的信息，是最全面的miRNA数据库，
miRBase从microRNA注册中心接管功能，并发挥三个主要作用:
(1)miRBase注册中心作为microRNA基因命名的独立命名者，在发表新的miRNA序列之前分配名称。
(2)miRBase Sequences是miRNA序列数据和注释的主要在线存储库。
(3)miRBase Targets是一个新的预测miRNA靶基因的综合性数据库。
网址：http://bioinfo.au.tsinghua.edu.cn/micrornadb/index.php
简介：MicroRNAdb是一个关于microRNA的综合性数据库。相比其他数据库，MicroRNAdb搜集的microRNA更完整且进行了充分的注释。如今，该数据库有732个microRNA序列的条目和439个详细的注释。
网址：http://mirwalk.umm.uni-heidelberg.de/
简介：miRWalk是一个开源平台，提供了一个直观的界面，可以生成人类、小鼠、大鼠、狗和牛的已知基因的预测和验证mirna结合位点。miRWalk的核心是利用基于随机森林的方法软件tarpir搜索完整的转录序列，包括5'-UTR、CDS和3'-UTR，预测miRNA的靶点。此外，它还将其他数据库的结果与预测和验证的mirna -靶相互作用进行了集成。其重点在于模块化设计、可扩展性以及快速更新周期。数据库可以使用Python, MySQL和HTML/Javascript。
网址：http://www.diana.pcbi.upenn.edu/tarbase
简介：MicroRNAs (miRNAs)是大约22nt的RNA片段，主要通过结合mRNA转录的一个或多个靶位点并抑制翻译参与蛋白质表达的调控。MicroRNAs可能参与多种发育途径、多种基因调控机制，并成为一系列遗传疾病过程和表型决定因素的基础。目前已有一些计算程序可以预测哺乳动物、果蝇、蠕虫和植物中的miRNA靶点。然而，到目前为止，还没有系统的收集和描述miRNA靶点的实验支持。研究人员描述了一个名为TarBase的数据库，该数据库包含了人工收集的实验测试miRNA靶点，在人类/小鼠、果蝇、蠕虫和斑马鱼中，区分了那些检测为阳性和那些检测为阴性。每个阳性靶位点都由结合它的miRNA、发生它的基因、测试它的实验性质、诱导翻译抑制和/或分裂的位点的充分性以及提取所有这些数据的论文来描述。此外，该数据库还与其他一些有用的数据库连接，如基因本体(Gene Ontology, GO)和UCSC基因组浏览器。TarBase揭示了比最近评论所宣称的更多的实验支持的靶点，从而提供了一个全面的数据集，从中可以评估miRNA靶向的特征，这将有助于下一代靶点预测程序。
网址：http://miRGator.kobic.re.kr
简介：miRGator是一个整合microRNA (miRNA)相关基因表达、靶点预测、疾病关联和基因组注释的数据库，旨在促进miRNA的功能研究。miRGator v2.0最新版本包含以下信息:
(i)不同实验条件下人类miRNA表达谱，
(ii) mrna和miRNA的配对表达谱，
(iii) miRNA扰动下的基因表达谱(如miRNA敲除和过表达)，
(iv)已知/预测miRNA靶点和(v) miRNA与疾病的关联。
总共有8000个miRNA表达谱，300个miRNA被干扰的基因表达谱和2000个mRNA表达谱被编译，并对疾病、组织类型和干扰进行了手工注解。通过整合这些数据集，通过共享特征提取出一系列新的关联(miRNA-miRNA、mirna-疾病和mirna-靶)。例如，将miRNA敲除后的差异表达基因(DEGs)与miRNA靶点进行系统比较。同样，差异表达miRNAs (DEmiRs)与疾病相关miRNAs进行比较。此外，miRNA表达和疾病表型谱显示了miRNA对的表达在各种实验和疾病条件下是平行调节的。使用交互式网络可视化界面可以很容易地访问复杂的关联。
网址：http://cogemir.tigem.it/
简介：了解微rna的基因组结构可以为了解其生物学特性提供有用的信息。为了对microRNAs基因组组织进行比较基因组学综述，研究人员开发了CoGemiR。为了实现这一目标，研究人员从已有的数据库中收集和整合了数据，并生成了新的数据，例如在几个物种中鉴定了许多以前未注释的microRNAs。为了更有效地利用这些数据，研究人员开发了一个用户友好的web界面，它简单地显示了microRNA基因组上下文在不同物种中是如何相关的。
网址：http://compbio.uthsc.edu/miRSNP/
简介：microRNA靶位点多态性(PolymiRTS)数据库是假定microRNA靶位点自然发生的DNA变异的集合。多mirtss可能影响基因表达并引起复杂表型的变异。该数据库集成了序列多态性、表型和表达芯片数据，并将polymirts作为负责数量性状位点(QTL)效应的潜在候选基因。它是研究多mirtss及其在表型变异中的意义的资源。
网址：http://www.targetscan.org/vert_80/
简介：MicroRNAs (miRNAs)在Argonaute蛋白中发挥作用，指导mRNA靶蛋白的抑制。虽然各种方法为靶点识别提供了见解，但mirna -靶点亲和性测量的稀薄性限制了对靶点疗效的理解和预测。在这里，研究人员调整了RNA bind-n-seq来测量Argonaute-miRNA复合物和所有序列之间的相对结合亲和力，长度为12个核苷酸。该方法揭示了每个miRNA特异性的非标准靶位点，miRNA特异性的标准靶位点亲和性差异，以及每个位点两侧的双核核苷酸的100倍影响。这些数据使构建miRNA介导的抑制的生化模型成为可能，该模型使用卷积神经网络扩展到所有miRNA序列。该模型极大地改善了对细胞抑制的预测，从而为定量地将miRNAs整合到基因调控网络中提供了生化基础。
网址：https://pictar.mdc-berlin.de/
简介：MicroRNAs是一种小的非编码rna，能够识别和结合动物中靶基因的3个非翻译区域的部分互补位点，并通过未知的机制调节靶转录的蛋白质产生。不同的microrna组合在不同的细胞类型中表达，并可能协调调节细胞特异性的靶基因。在这里，研究人员提出了PicTar，一种用于识别microRNAs共同靶点的计算方法。利用8个脊椎动物基因组的全基因组比对进行的统计测试、PicTar特异性恢复已发表的microRNA靶点的能力以及对7个预测靶点的实验验证表明，PicTar在预测单个microRNA靶点和microRNA组合靶点方面具有极好的成功率。研究人员发现脊椎动物的microrna的靶点，平均每个靶点大约有200个转录本。此外，研究人员的结果表明microrna执行广泛的协调控制。特别是，研究人员通过实验验证了miR-375、miR-124和let-7b共同调控Mtpn，从而为协调microRNA在哺乳动物中的控制提供了证据。
参考文献：
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