CpG岛概念

CpG双核苷酸在人类基因组中的分布很不均一，而在基因组的某些区段，CpG保持或高于正常概率，这些区段被称作CpG岛，在哺乳动物基因组中的1~2kb的DNA片段，它富含非甲基化的CpG双倍体。

意义

许多研究显示基因组整体甲基化水平的降低和CpG 岛局部甲基化水平的异常升高可导致基因组的不稳定，转座子成分的活化、原癌基因的表达和抑癌基因的失活，从而导致肿瘤的发生。

CpG岛的预测原理

CpG岛（CpG island）是一段200bp或者更长的DNA序列

G+C含量较高

并且CpG双核苷酸频率占G+C含量的50%以上

p表示C和G以磷酸二酯键相连。

CpG双核苷酸在基因组中的分布很不均一

CpG岛主要位于基因的启动子和第一外显子区域

约有60%-80%的启动子含有CpG岛。

CpG岛可对基因及其启动子的预测提供重要线索。

预测工具

CpG Island（http://www.uscnorris.com/cpgislands2/cpg.aspx）?

CpG finder(http://www.softberry.com/berry.phtml?topic=cpgfinder&group=programs&subgroup=promoter)

CpG islands revealing(http://l25.itba.mi.cnr.it/cgi-bin/wwwcpg.pl)

CpGPlot/CpGReport/Isochore(http://www.ebi.ac.uk/emboss/cpgplot/index.html)

启动子结合位点分析工具:

Promoter Scan(www://bimas.dcrt.nih.gov/molbio/proscan/)

BDGP(www.fruitfly.org/seq

另外本人手中有一本比较基因组学（比较初级）

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