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基因家族研究套路之----------过氧化还原酶mRNA表达在肺癌中的预后作用
好久没有写稿子了，今天给大家分享一篇基因集家族研究套路的文章，思路简单清晰。
该文章是2018年发表在OncoTargets and Therapy上，虽然已经退出sci圈儿了，但是还是有值得我们学习以及思考的地方。那就要好好看，使劲看。
下面我就从背景，课题设计以及结果展示三个方面进行介绍：
先来看一下背景说了一个什么事呢，就是说肺癌很常见，是癌症死亡的主要原因。它分为小细胞肺癌和非小细胞肺癌（NSCLC）。NSCLC包括腺癌（Ade），鳞状细胞癌（SCC）和大细胞癌。虽然说目前高水平的治疗会提高肺癌患者的总生存期（OS）和生活质量，但是肺癌的预后仍然不利。因此，作者想要确定更为准确的肺癌的预后分子生物标志物。
就是酱紫。然后作者就选择了过氧化酶（PRDXs） 这个基因家族进行研究，它是一种普遍存在的小型非硒过氧化物酶家族，它催化过氧化物还原以平衡细胞过氧化氢的水平。目前人们已经鉴定出了六种PRDX的异构体。并且PRDX的过表达可以抑制癌症发展或促进癌症生长，这取决于具体的PRDX家族成员和癌症背景。但是，个体PRDXs在肺癌患者中mRNA表达的预后价值仍然难以捉摸。因此，作者以此为出发点，确定了六种PRDXs mRNA在肺癌患者中表达的预后作用。
课题设计：该文章的课题设计应该说是浅显易懂了，作者使用KM绘图仪在线数据库推测PRDXs在肺癌中个体mRNA表达的预后价值。此外，作者根据吸烟状况、病理分级、临床分期和化疗治疗来评估肺癌患者的OS与特异性PRDX之间的相关性。
总结起来作者干了一件什么事呢，就是将PRDX家族中的的六个基因：PRDX1，PRDX2，PRDX3，PRDX4，PRDX5和PRDX6的JetSet探针ID分别输入KM数据库来分析Kaplan-Meier生存曲线，然后一顿分析。
然后作者想看看特定基因的预后价值，就计算了上下四分位数之间的某些基因mRNA表达，并且在单变量cox回归分析中使用最佳阈值作为最终cutoff值。在多变量分析中计算了吸烟状况，病理分级，临床分期和化学治疗。最后，作者根据来自所选肺癌样品的基因的中值表达确定PRDX基因的表达cutoff值。根据表达值与确定的cutoff值之间的比较，将PRDX表达分成高表达和低表达。在网页上会显示确定病例数，mRNA表达水平的中值，HR，95％CI和对数秩检验的P值。
结果展示：
在www.kmplot.com中显示了PRDX家族的所有六个基因的Kaplan-Meier生存信息。作者使用KM绘图仪分别确定了PRDX家族中6个基因的预后价值。
首先是PRDX1：
结果分别显示了所有肺癌患者（A），Ade患者（B）和SCC患者（C）的生存曲线。可以看出对所有肺癌患者，PRDX1 mRNA高表达与较差的OS相关。然而，对于Ade和SCC患者，HR估计没有显著差异。
PRDX2：
所有患者的PRDX2 mRNA高表达与更差的OS显著相关。PRDX2 mRNA高表达也与Ade患者的OS较差相关，但SCC患者中没有关联。
PRDX3：
所有肺癌患者的PRDX3 mRNA高表达与OS无显著相关性，Ade患者中PRDX3 mRNA高表达与更好的OS相关，SCC患者没有关联。
PRDX4：
所有肺癌患者的PRDX4 mRNA高表达与OS无显著相关性，Ade患者以及SCC的患者也没有相关性。
最后就是PRDX5和PRDX6：
PRDX5和PRDX6 mRNA表达升高均与所有肺癌患者的有利OS相关。此外，只有PRDX6 mRNA高表达与Ade患者的较差OS显著相关。
为了进一步评估PRDX mRNA表达与其他临床病理特征的相关性，作者测定了患者吸烟状况（表1）、临床不同阶段（表2）与 PRDX mRNA表达的相关性。
从这里面可以看出，PRDX1和PRDX6与吸烟状况显著相关。PRDX3和PRDX6与没有吸烟史的肺癌患者显著相关。
从这里面可以看出PRDX1，PRDX2，PRDX3和PRDX6与患者的临床I期显著相关。只有PRDX6与肺癌患者的临床II期显著相关。
总的来讲文章的思路真的是简单易懂了，该文章不仅为大家提供了基因家族的研究套路，还有神奇的KM在线工具可以画生存曲线啊，以后画生存分析的图方便了哈哈，真是一个良心的在线工具啊，感兴趣的童鞋可以尽情操作了！
参考文献：Prognostic roles of mrna expression of peroxiredoxins in lung cancer
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