ggsci专为paper配色而生

R语言中的ggsci包提供一系列高品质调色板，配色的素材灵感来自科学期刊，数据可视化库，科幻电影和电视节目中使用的颜色。ggsci中的调色板可用作ggplot2调色。对于所有调色板，相应的调用方法是：scale_color_palname() scale_fill_palname() 简单讲就包括了各个杂志的配色风格，整理成了R包，免去了自行配色时的尴尬审美，比如说里面就包括Lancet, NEJM，JAMA,JCO等顶级杂志的配色风格，发不了顶级Paper， 学学配色也是不错的。

配色使用示例

Sys.setlocale('LC_ALL','C')

## [1] "C"

library("ggsci")library("ggplot2")library("gridExtra")data("diamonds")head(diamonds)

## # A tibble: 6 x 10##   carat cut       color clarity depth table price     x     y     z##   <dbl> <ord>     <ord> <ord>   <dbl> <dbl> <int> <dbl> <dbl> <dbl>## 1 0.23  Ideal     E     SI2      61.5    55   326  3.95  3.98  2.43## 2 0.21  Premium   E     SI1      59.8    61   326  3.89  3.84  2.31## 3 0.23  Good      E     VS1      56.9    65   327  4.05  4.07  2.31## 4 0.290 Premium   I     VS2      62.4    58   334  4.2   4.23  2.63## 5 0.31  Good      J     SI2      63.3    58   335  4.34  4.35  2.75## 6 0.24  Very Good J     VVS2     62.8    57   336  3.94  3.96  2.48

dim(diamonds)

## [1] 53940    10

p1 = ggplot(subset(diamonds, carat >= 2.2),       aes(x = table, y = price, colour = cut)) +  geom_point(alpha = 0.7) +  geom_smooth(method = "loess", alpha = 0.05, size = 1, span = 1) +  theme_bw()p1

p2 = ggplot(subset(diamonds, carat > 2.2 & depth > 55 & depth < 70),       aes(x = depth, fill = cut)) +  geom_histogram(colour = "black", binwidth = 1, position = "dodge") +  theme_bw()p2

NPG配色

自动配色，接触直男配色的烦恼 配色方案为sacle_color_xx杂志名,或者scale_fill_xx杂志名 注意杂志名并不是所有的，而是该包含有的一部分配色内容

p1_npg = p1 + scale_color_npg()p2_npg = p2 + scale_fill_npg()grid.arrange(p1_npg, p2_npg, ncol = 2)##grid组图

著名的新英格兰医学杂志配色

p1_nejm = p1 + scale_color_nejm()p2_nejm = p2 + scale_fill_nejm()grid.arrange(p1_nejm, p2_nejm, ncol = 2)

著名的柳叶刀杂志配色

scale_color_lancet() scale_fill_lancet

p1_lancet = p1 + scale_color_lancet()p2_lancet = p2 + scale_fill_lancet()grid.arrange(p1_lancet, p2_lancet, ncol = 2)

JAMA配色

scale_color_jama函数 scale_color_jama函数

p1_lancet = p1 + scale_color_lancet()p2_lancet = p2 + scale_fill_lancet()grid.arrange(p1_lancet, p2_lancet, ncol = 2)

如果是对于非ggplot2系统的图形想使用配色，也可调用

首先pal_xx杂志名函数得到颜色代码 然后scales包俩展现函数 做个NEJM配色的展示，可以先问号下?pal_xx函数

nejm<-pal_nejm("default",alpha = 1)(8)##(9表示呈现多少个颜色)nejm

## [1] "#BC3C29FF" "#0072B5FF" "#E18727FF" "#20854EFF" "#7876B1FF" "#6F99ADFF"## [7] "#FFDC91FF" "#EE4C97FF"

scales::show_col(nejm)

熟悉的boxplot展示

可能官方给的图形太复杂,我们来创建一个大家熟悉的图

library(dplyr)

## Warning: package 'dplyr' was built under R version 3.6.1

## ## Attaching package: 'dplyr'

## The following object is masked from 'package:gridExtra':## ##     combine

## The following objects are masked from 'package:stats':## ##     filter, lag

## The following objects are masked from 'package:base':## ##     intersect, setdiff, setequal, union

head(diamonds)

## # A tibble: 6 x 10##   carat cut       color clarity depth table price     x     y     z##   <dbl> <ord>     <ord> <ord>   <dbl> <dbl> <int> <dbl> <dbl> <dbl>## 1 0.23  Ideal     E     SI2      61.5    55   326  3.95  3.98  2.43## 2 0.21  Premium   E     SI1      59.8    61   326  3.89  3.84  2.31## 3 0.23  Good      E     VS1      56.9    65   327  4.05  4.07  2.31## 4 0.290 Premium   I     VS2      62.4    58   334  4.2   4.23  2.63## 5 0.31  Good      J     SI2      63.3    58   335  4.34  4.35  2.75## 6 0.24  Very Good J     VVS2     62.8    57   336  3.94  3.96  2.48

p<-diamonds %>% ggplot()+     aes(x=cut,y=price,fill=cut) +     geom_boxplot()p

试试lancet配色

简单快捷，无需动脑，因为填充会比较明显，我们选择填充配色

p+scale_fill_lancet()

NEJM配色

p+scale_fill_nejm()

我是老朋友白介素2，这样的配色你值得拥有！

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