日期

授课题目

授课内容

第一天

概述

1.  生物信息学数据处理概述；

2.  Perl语言简介特点与数据处理的优势与应用范围

运行调试

3.  Perl语言解释器、编辑器安装；

4.  Perl运行环境测试与程序编写；

5.  UltraEdit软件应用与生物信息学数据文件处理；

6.  基于宏的perl语言快速编程

操作基础

7.  Perl语言基本变量、操作符、判断结构；循环结构；

8.  Perl语言常用函数的功能应用；

9.  生物学数据文件的读入与输出；

10.生物信息学常见文件的分割、合并、过滤、信息提取等；

11.批量自动化数据文件操作

第二天

生物信息实例应用

12.常用生物信息学数据文件格式简介；

13.用perl从NCBI、ENA等数据库批量下载基因序列；

14.用perl进行生物学数据文件格式转化；

15.用perl编程从Fasta、GBK、Fastq、PDB等提取关键生物学数据信息；

16.用perl批量自动化下载基因序列；

17.用perl进行DNA到protein批量翻译；

18.用perl批量DNA序列反向互补；

高级数据处理

19.Perl语言的数组、二维数组、hash表用法；

20.用perl自动化从表格数据提取信息；

21.矩阵数据文件的生成与应用

22.二代测序NGS、GWAS等生物信息分析中perl的应用

第三天

模块与子程序

23.perl子程序与模块应用；

24.强大的正则表达式的应用；

25.用perl进行基因ID列表比较、筛选与统计；

Perl的高级应用

26.Perl第三方代码库CPAN的简介与应用；

27.Bioperl模块与应用；

28.常用生物信息学程序实例；

29.用perl进行批量自动化本地blast比对及数据分析；

30.基于perl的circos基因组作图工具介绍；