Integrative Genomics Viewer(IGV) 是一种探索大型综合基因组数据的高性能交互式可视化工具。它支持各种各样的数据类型，包括基于芯片测序、二代测序数据和基因组注释数据等。详细信息：http://www.broadinstitute.org/software/igv/

1、使用igvtools 将*.bam文件转换成相应的*.tdf文件（节省空间），*.tdf文件有其对应的可查看的文本*.wig文件。

在大型机上将igvtools压缩包上传到个人工作目录，解压，然后在.bashrc_programs中加载包的路径即可使用。格式转换命令如下：

igvtools count -z 5 -w 25 *.bam  *.bam.tdf hg19

igvtools count -z 5 -w 25 *.bam  *.bam.wig hg19

(help文件说tdf和wig可以同时转,中间用逗号隔开即可)

-z  分配最大的zoom level 水平

-w  每个track记录的碱基数

…

**提示：使用igvtools命令时要使bam.bai文件（bam的索引文件，可用samtools的index命令建立索引文件）与bam文件在同一个文件夹中

(更多参数参见http://www.broadinstitute.org/software/igv/igvtools_commandline  或者 igvtools help count)

2、本地安装igv 在igv官网下载界面进行下载

（http://www.broadinstitute.org/software/igv/download）

windows用户下载 Download Binary Distribution ,下载后解压，运行igv.jar 文件即可

再用file -> load from file 选项导入*.tdf文件,在导入文件之前要选则自己需要的参考基因组,在此包括人、牛、马、鸡、猩猩、狗、小鼠、线虫、果蝇、噬菌体等等。

3、导入后查看

1）在选择感兴趣的区域时，应先单击染色体，当按钮从灰色变成有红色时再点击它，并在染色体区域选择感兴趣的起始位置即可，无需拖拽。

2）选择想要查看的基因列表，如下图所示

3）输入序列集以及参考基因组的各项参数调整。

包括调整每个track的颜色、高度，字体大小，图形的表现形式（包括热图、条形图、点图、线图）以及一些其他图示参数。参考基因组的展现形式包括collapsed、expanded、squished三种。

4）一些更深入的调节与查看

View –>preference 则出现以下图框，有多重参数调整，具体的选择根据个人需要而定。

View ->color legends 调整相应图标的颜色（这是在包含有这些数据类型的输入数据可做的颜色调整）

5）一些快捷键的使用参见

http://www.broadinstitute.org/software/igv/keyboard_shortcuts

4、图片下载

File –>save image  选择存储路径即可。

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