Dr高端生信社群
公开招募啦!
Dr高级生信分享社群公开招募了!
超多干货!牛人领航!
线上直播+循环听课+高端人脉!
Dr学院精心打造生物行业“高薪精英圈子”!
加她报名,首批成员低门槛399元
仅限100人
第二批招募599元
第三批招募799元
以此类推。。。
一次性收费,课程为群成员福利
部分邀请成员名单:
【纳昂达】应用科学家 陈华昌博士;
【艾德摩】个性化医疗项目负责人 时津霞博士;
【深蓝云】数字PCR技术专家 张艳辉女士;
【IDT】NGS产品研发部门生信科学家 王家石博士;
【宁羿生物】首席科学家 沈宁博士;
【北京城建】医药工程分公司总经理 张家阁女士;
【艾德摩】事业部总监 席作栋先生;
【元码基因】高级医学经理 王伟涛博士;
【Bio-rad】高级技术应用专家 吴非博士;
【诺禾致源】医学事业部经理 林雅明女士;
【基因游侠】周在威先生;
【PerkinElmer】赖萌老师;
【四正柏生物】技术总监 刘丽丹女士;
【协和建昊】毒理部部长 叶向锋女士;
更多高端人才即将加入。。。。
生物信息学魅力:
帮助预测疾病相关的潜在基因,以及该基因潜在的作用靶点、上游调控转录因子等,从而指导实验方向、缩小试验范围、简化试验流程。
为基金申请提供支持,通过强大的信息数据的收集整理,减少投入增强研究目的性;且通过整合技术优势,指导提高临床诊断水平。
丰富的免费的数据资源和生物软件工具: 数据库:NCBI, EBI, DDBJ, PDB, SWISS-PROT等;软件工具:Cytoscape,BLAST, R语言,String, David等
课程大纲:
第一节:基因数据库使用介绍
NCBI Gene数据库:最权威的基因综合数据库之一。
NCBI GEO数据库: 数据量最大的高通量公共数据库。
GEO2R工具:在线做差异分析的R工具
bioDBnet:在线基因ID转换工具。
Uniprot: 最权威的蛋白综合数据库之一。
第二节 聚类热图及pathway map图
KEGG 数据库:最权威的通路数据库(pathway map 分析)
HEMI软件:构建聚类热图的本地软件
第三节: DAVID工具——功能富集分析
功能富集的原理和意义基因ID转换
基因功能注释(GO ,KEGG pathway)
基因功能富集(GO ,KEGG pathway)
基因功能聚类(GO ,KEGG pathway)
第四节. STRING工具——基因/蛋白相互作用分析(PPI)
蛋白互作分析的原理和意义;
单个蛋白的蛋白互作分析;
多个蛋白的蛋白互作分析;
STRING工具的使用步骤:输入、参数设置、输出等。
第五节 cytoscape网络做图软件(上)
网络图构建
逐个修改节点的属性和修改边的属性
网络展示方式layout更美观
网络统计分析
第六节 cytoscape网络做图软件(下)
批量修改节点的属性和修改边的属性
Cytoscape的常用插件:ClusterONE
Cytoscape的常用插件:BinGO
高通量公共数据的详细信息查找/下载;
在线做差异表达分析;
在线blast分析;
基因ID转换;
通路map图制作;
功能富集分析;
蛋白互作分析;
网络图的构建和美化。
示例图通路富集分析结果图
示例图 GO富集分析结果图
示例图蛋白互作网络图
示例图调控网络图
示例图 pathway map图
宋伟,上海大学生命科学学院生物信息学方向硕士,上海交大与上海大学联合培养博士。
成果:主导了云生信平台的开发和管理;参与完成了近百篇软件著作权和发明专利的撰写和申请;肺癌、胰腺癌、骨肉瘤、胃癌等数据库的分析和构建;完成个体基因检测流程和无创唐筛流程的开发。
研究方向:有近十年的生信分析经验,擅长方向有转录组测序分析、芯片数据分析、疾病机理研究分析、疾病预后与基因关联分析、项目分析思路设计以及个性化分析等,精通perl、R等编程语言。
开课时间:每周四晚8点
无限次学习,随时插班
付费私密社群
首批成员低门槛399元
扫码美女助教,申请进群
(加她备注“进高端社群”)
扫码报名
进群学习
限100人
私密高端