小麦属四倍体种,包括野生二粒小麦(Triticum dicoccoides Korn)和栽培二粒小麦(Triticum dicoccum Schuebl.)。染色体数2n=4x=28,染色体组型为AABB。大约10000年前,一种有14个染色体(二倍体)的野生小麦,称为一粒小麦(Triticum monococcum),与一种杂草山羊草(Aegilops sp.)杂交。这种杂草的正常二倍体也是14个染色体,但是它们与一粒小麦的14个染色体不同(不同源),因此不能配对,所以杂交后代是不育的。但是,由于低温,这个杂交后代忽然染色体加倍,形成了一个异源多倍体,即二粒小麦(Triticum dicoccoides)。二粒小麦具有28个染色体,或14对染色体。约3000年前,二粒小麦与节节麦,即粗山羊草(Aegilops tauschii)杂交,二粒小麦有28个染色体,山羊草只有14个染色体,杂交的后代又是不育的。由于低温,这个杂交种的染色体又忽然加倍,形成了具有42个(28+14)染色体的异源多倍体,即现在栽培的普通小麦(摘自https://baike.baidu.com/item/%E4%BA%8C%E7%B2%92%E5%B0%8F%E9%BA%A6/8512424?fr=aladdin)。
2019年4月8日Nature Genetic发表了栽培二粒小麦,而在2017年在Science发表了野生二粒小麦基因组重磅|3篇Science和5篇Nature共同解码小麦基因组。
下面主要看栽培二粒小麦:
一、组装
组装软件:DenovoMAGIC2 (NRGene);
N50:6.0 megabases (Mb);
染色体:9.96Gb挂载到染色体,占比95.3% ,其中确定位置和方向的90% ;
二、与野生二粒小麦对比
三、群体分析
芯片:wheat iSelect 90K SNP Infinium assay
数量: 1,856 个个体
还有很多群体分析可以参见原文。