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用R进行文件系统管理（二）

生信干货 sxr ·2015年12月11日 17:43

用R进行文件系统管理

R的极客理想系列文章，涵盖了R的思想，使用，工具，创新等的一系列要点，以我个人的学习和体验去诠释R的强大。

R语言作为统计学一门语言，一直在小众领域闪耀着光芒。直到大数据的爆发，R语言变成了一门炙手可热的数据分析的利器。随着越来越多的工程背景的人的加入，R语言的社区在迅速扩大成长。现在已不仅仅是统计领域，教育，银行，电商，互联网….都在使用R语言。

要成为有理想的极客，我们不能停留在语法上，要掌握牢固的数学，概率，统计知识，同时还要有创新精神，把R语言发挥到各个领域。让我们一起动起来吧，开始R的极客理想。

前言

R语言作为脚本语言，有一套文件系统管理的功能函数，也可以实现如Python一样的系统管理功能。

本文将详细介绍，R语言的文件系统管理。试试有什么不样吧？

文件系统介绍
目录操作
文件操作
几个特殊的目录

3.5 硬连接和软连接

硬连接，指通过索引节点来进行连接。在Linux的文件系统中，保存在磁盘分区中的文件不管是什么类型都给它分配一个编号，称为索引节点号(Inode Index)。在Linux中，多个文件名指向同一索引节点是存在的。一般这种连接就是硬连接。硬连接的作用是允许一个文件拥有多个有效路径名，这样用户就可以建立硬连接到重要文件，以防止“误删”的功能。其原因如上所述，因为对应该目录的索引节点有一个以上的连接。只删除一个连接并不影响索引节点本身和其它的连接，只有当最后一个连接被删除后，文件的数据块及目录的连接才会被释放。也就是说，文件真正删除的条件是与之相关的所有硬连接文件均被删除。
软连接，也叫符号连接（Symbolic Link）。软链接文件有类似于Windows的快捷方式。它实际上是一个特殊的文件。在符号连接中，文件实际上是一个文本文件，其中包含的有另一文件的位置信息。

硬连接和软连接，只在Linux系统中使用。

# 硬连接
> file.link("readme.txt", "hard_link.txt")
[1] TRUE

# 软连接
> file.symlink("readme.txt", "soft_link.txt")
[1] TRUE

# 查看文件目录
> system("ls -l")
-rwx------ 1 conan conan   70 Nov 14 12:55 AA.txt
-rw-rw-r-- 1 conan conan    7 Nov 14 12:51 B.txt
dr-xr-xr-x 2 conan conan 4096 Nov 14 08:36 create
-rw-rw-r-- 1 conan conan   70 Nov 14 12:56 C.txt
-rw-rw-r-- 2 conan conan    7 Nov 14 08:24 hard_link.txt
-rw-rw-r-- 2 conan conan    7 Nov 14 08:24 readme.txt
lrwxrwxrwx 1 conan conan   10 Nov 14 13:11 soft_link.txt -> readme.txt

文件hard_link.txt是文件readme.txt硬连接文件，文件soft_link.txt是文件readme.txt软连接文件，

3.5 删除文件

有两个函数可以使用file.remove和unlink，其中unlink函数使用同删除目录操作是一样的。

# 删除文件
> file.remove("A.txt", "B.txt", "C.txt")
[1] FALSE  TRUE  TRUE

# 删除文件
> unlink("readme.txt")

# 查看目录文件
> system("ls -l")
total 12
-rwx------ 1 conan conan   70 Nov 14 12:55 AA.txt
dr-xr-xr-x 2 conan conan 4096 Nov 14 08:36 create
-rw-rw-r-- 1 conan conan    7 Nov 14 08:24 hard_link.txt
lrwxrwxrwx 1 conan conan   10 Nov 14 13:11 soft_link.txt -> readme.txt

# 打印硬连接文件
> readLines("hard_link.txt")
[1] "file A"

# 打印软连接文件，soft_link.txt，由于原文件被删除，有错误
> readLines("soft_link.txt")
Error in file(con, "r") : cannot open the connection
In addition: Warning message:
In file(con, "r") :
  cannot open file 'soft_link.txt': No such file or directory

4. 几个特殊的目录

R.home() 查看R软件的相关目录
.Library 查看R核心包的目录
.Library.site 查看R核心包的目录和root用户安装包目录
.libPaths() 查看R所有包的存放目录
system.file() 查看指定包所在的目录

4.1 R.home() 查看R软件的相关目录

# 打印R软件安装目录
> R.home()
[1] "/usr/lib/R"

# 打印R软件bin的目录
> R.home(component="bin")
[1] "/usr/lib/R/bin"

# 打印R软件文件的目录
>  R.home(component="doc")
[1] "/usr/share/R/doc"

通过系统命令，找到R文件的位置。

# 检查系统中R文件的位置
~ whereis R
R: /usr/bin/R /etc/R /usr/lib/R /usr/bin/X11/R /usr/local/lib/R /usr/share/R /usr/share/man/man1/R.1.gz

# 打印环境变量R_HOME
~ echo $R_HOME
/usr/lib/R

通过R.home()函数，我们可以很容易的定位R软件的目录。

4.2 R软件的包目录

# 打印核心包的目录
> .Library
[1] "/usr/lib/R/library"

# 打印核心包的目录和root用户安装包目录
> .Library.site
[1] "/usr/local/lib/R/site-library" "/usr/lib/R/site-library"
[3] "/usr/lib/R/library"

# 打印所有包的存放目录
> .libPaths()
[1] "/home/conan/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0"
[2] "/usr/local/lib/R/site-library"
[3] "/usr/lib/R/site-library"
[4] "/usr/lib/R/library"

4.3 查看指定包所在的目录

# base包的存放目录
> system.file()
[1] "/usr/lib/R/library/base"

# pryr包的存放目录
>  system.file(package = "pryr")
[1] "/home/conan/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0/pryr"

其实，用R语言操作文件系统还是很方便的。但对于函数命名确实不太规范，需要我们花时间记忆。