
生信人之前推过很多的课程,但是课程都侧重于套路的复现和思路的复现,或者就是过于基础的课程。这次我们推出的课程更加侧重于分析技能和技巧的讲解,相信客户能够更好的进行复现和重复。2、所涉及的代码操作,参数全部外置,客户可以不用读懂代码也可以操作。4、所有的课程都提供demo数据测试,并经过了内部审核。








以下是视频的word版本
对于富集分析我们最常用的在线网址是DAVID数据库(https://david.ncifcrf.gov/home.jsp),它可以通过直接进行粘贴相关基因并勾选想要进行的富集分析方式(GO、KEGG、Reactome等等)轻松地获得富集分析的结果。
还有一个可以进行富集分析的在线网址,那就是STRING数据库(https://string-db.org/),我们对于STRING数据库最常用得就是构建PPI网络,但是在构建PPI网络的下方,也会有相关富集分析的结果并且下载相关文件。
对于上面的网址只有富集分析的结果,缺少可视化的展示,我们可以采用ggplot2包进行绘图展示,也可以用专门富集分析GOplot包进行绘制。如:




除了只能可视化的R包,还有clusterProfiler包可以进行富集分析可视化一体化,输入基因、EntrzID等标识符就可进行分析,可视化结果也是很丰富,如下:




还有一个比较常用并且很适合根据自己的需要进行调整布局,Cytosacpe中— ClueGO和BiNGO 插件,只需要输入相关的基因名即可。

还有一些富集分析的在线工具既可以分析又可以可视化,如:g:Profiler,在线富集分析工具 (网址:https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/) 

WebGestalt GSAT,在线富集分析工具,网址:http://www.webgestalt.org/option.php
Metascape在线富集分析工具,网址:http://metascape.org/gp/

Protein-protein interaction network
Network of enriched terms
各种富集分析及可视化的方法,大家可以根据自己需要,选择用起来~
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